반응형 생물정보학90 [생물정보학] Fasta Reader GUI, 윈도우에서 FASTA 파일 읽어서 염기서열 세는 프로그램, JAVA GUI 예제, JAVA Swing 예제 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 FASTA 파일을 윈도우, 맥 GUI 환경에서 읽어 염기서열 세어주는 프로그램을 제작해 보았습니다. 목차 1. 프로그램 소개2. 프로그램 사용방법부록. UCSC FASTA 파일 다운로드 1. 프로그램 소개 "Fasta Reader GUI" 는 윈도우나 맥, 리눅스의 GUI (Graphic User Interface) 환경에서 FASTA 파일을 읽어 전체 염기서열 개수, A, C, G, T 그리고 N 염기의 개수를 세는 프로그램입니다. 프로그램은 JAVA로 제작하였으며 사용하시는 환경에 JAVA 8 버전이 필요합니다. 참고로 FASTA 파일은 유전서열을 담고 있는 파일로 ">" 기호가 있는 헤더 부분과 서열부분으로 나뉩니다. FASTA 파일 형식> 헤더 ACACACGGCCN.. 2018. 11. 15. [생물정보학] FASTA gzip 파일 읽기 - 염색체 별로 염기 숫자 세기 - UCSC FASTA 다운로드 - 자바 JAVA , 파이썬 Python, 파일 읽기 속도 비교 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 자바, 파이썬으로 FASTA gzip 파일을 읽어 염기서열을 세는 프로그래밍을 해보겠습니다. 목차 1. UCSC FASTA 파일 다운로드 2. 염색체 별로 읽기3. Python 스크립트 구현4. JAVA 코드 구현5. 결과6. 파일 읽기 속도 비교 - JAVA, Python 1. UCSC FASTA 파일 다운로드 - chromosome 별 다음 경로에 들어가서 chromosome 별로 fa.gz 파일을 받습니다. hg38 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/ hg19http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/ 사이트에 접속하시면 다음과 같은 .. 2018. 11. 14. [생물정보학 알고리즘] 1 부터 n 까지 합 구하기 - 파이썬 알고리즘 공부, 자바 알고리즘 학습 안녕하세요 한주현 입니다. 오늘 부터 생물정보학 알고리즘에 대해서 포스팅 해보고자 합니다. 포스팅 계획은간단한 알고리즘에서 부터 재귀, 탐색, 정렬, 그래프 그리고 생물정보학 알고리즘 까지 정리하는 것을 목표로 하고 있습니다. 목차 (계속하여 업데이트될 예정) 1. 1 부터 n 까지 합 구하기 - korbillgates.tistory.com/1902. 배열에서 최대값, 최소값 찾기 - korbillgates.tistory.com/204 오늘 알아볼 알고리즘은 “1 부터 n 까지 합 구하기” 입니다. 알고리즘 생각 1 부터 n 까지의 합은 단순하게 생각하여 합을 모으는 변수를 두고1, 2, 3, ..., n 을 더해 봅시다. 파이썬 스크립트 1234567def oneToN(num): sum_val = 0 .. 2018. 11. 13. [FastqGizmo] Fastq 파일의 스탯 stat 및 N Base read count, Fastq Report 리포트 ` 안녕하세요 한주현 입니다! 오늘은 제가 만든 툴인 FastqGizmo를 소개합니다... ㅎㅎ FastqGizmo는 Fastq 파일에서 염기에 대한 스탯 (개수, 퀄리티) 및 N Base의 개수별로 리드의 개수를 세는 프로그램입니다. FastqGizmo 주요 기능 소개 1. Fastq 파일의 염기 개수 및 퀄리티 스탯2. Fastq의 리드당 N Base 개수를 세어 N Base의 개수별로 리드를 표시3. 위의 두 결과를 HTML 파일로 리포트 FastqGizmo 사용 방법 FASTQGIZMO 는 기본적으로 터미널 환경에서 돌아갑니다.Java 1.8 에서 돌아갑니다. 1$ java -jar FastqGizmo.jar FastqGizmo 리포트 FastqGizmo.jar 의 StatReport 를 실행하면.. 2018. 11. 10. 이전 1 ··· 7 8 9 10 11 12 13 ··· 23 다음 반응형
