반응형 BAM6 [강의자료] 생물정보학 강의, FASTQ, BAM, VCF, samtools 설치 안녕하세요 한주현입니다. 감사하게도 기회가 되어 2019년부터 서울여대 학생들께 생물정보학을 가르치러 강의를 나가고 있습니다. 강의를 열어주신 김명겸 교수님께 이 자리를 빌어 감사의 말씀드립니다. 강의 주제는 생물정보학 전반에 대한 내용으로 다음과 같은 주제를 다루었습니다. 리눅스 다루기 시퀀싱과 염기서열 분석 리눅스에서 생물정보학 툴 설치 간단한 파이프라인 만들기 (BWA-GATK) github 사용하기 클라우드 컴퓨팅 환경 사용하기 (AWS (Amazon Web Service) 또는 GCP (google cloud platform)) 바이오파이썬 실무에서 있던 에피소드들 등등.. 1년간 여러 주제와 실무 환경을 학부생들의 눈높이에 맞게 강의 했었네요 이번 2020년도 1학기의 경우 코로나19로 인해 .. 2020. 5. 21. [minimap2] minimap2 설치 및 수행 방법 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 Heng Li 의 새로운 mapping tool 인 minimap2 의 설치 및 수행 방법에 대해 작성해 보겠습니다. 목차 1. minimap2 다운로드2. minimap2 설치3. minimap2 수행 1. minimap2 다운로드 1) 사이트에 접속합니다https://github.com/lh3/minimap2 2) 자료 다운로드 저는 git clone 으로 자료를 다운받았습니다. 사이트에서 빨간색으로 네모 친 부분을 눌러 git 주소를 복사 합니다. 터미널에서 git clone 명령어로 다운 받습니다. 1$ git clone https://github.com/lh3/minimap2.git 2. minimap2 설치 1) 다운 받은 minimap2 디렉터리에 들어갑니다... 2018. 11. 18. [GATK] pileup 파일 얻기 - bam 에서 쌓인 read base 얻기 - gatk pileup 분석 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 GATK의 툴 중 하나인 Pileup 에 대해 알아보겠습니다. Pileup 이란? pileup 은 말 그대로 쌓아 올린것을 의미합니다 ㅎㅎ Reference 서열에 맞춘 read 들을 쭉~ 쌓아 올린 것을 pileup 이라고 하지요 그림을 하나 그려봤습니다 ㅎㅎ.. 뱀뱀이 프로그래밍 만화도 많이 봐주세요 ㅎㅎ 링크 : http://korbillgates.tistory.com/category/뱀뱀이 프로그래밍 만화/단편작 참고로 아래는 쌓인 read 들을 보여주는 여러가지 소프트웨어 입니다 ㅎㅎ IGV (Integrative Genomics Viewer) - Broad Institute Samtools tview GATK Pileup - GATK3.x , GATK4 GATK.. 2018. 6. 21. [samtools] sam, bam 파일간 변환 방법, sam to bam , bam to sam 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 samtools로 sam, bam 파일간 변환 방법 에 대하여 알아보겠습니다. samtools samtools 로 SAM, BAM 간 파일 변환 - 준비물 준비물 1) samtools samtools 설치가 되어 있지 않다면 다음 링크들을 참고해 주세요 - samtools 공식 다운로드 페이지 http://www.htslib.org/download/ - samtools 설치 방법 http://korbillgates.tistory.com/57 2) 실습 bam 파일 http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeUwRepliSeq/wgEncodeUwRepliSeqBg02esG1bAlnRep1.bam Siz.. 2017. 12. 12. 이전 1 2 다음 반응형
