반응형 Biopython11 [바이오파이썬] 바이오파이썬 설치와 jupyter notebook에서 실행하는 방법 안녕하세요 한주현 입니다. 오늘은 "바이오파이썬 설치와 jupyter notebook에서 사용 방법" 의 주제로 포스팅해보겠습니다. 바이오파이썬과 같은 파이썬 라이브러리를 설치하는 방법이 어렵지는 않습니다만 초심자에게는 자세히 설명해주는 내용을 찾아보기 힘들기에 글 보다는 따라하기 쉬운 동영상으로 제작하였습니다. 제가 처음 파이썬 프로그래밍을 할 때를 생각하며 제작해보았습니다. 저 또한 처음에는 어려움들을 겪으며 여러 방면으로 구르며 시행착오를 많이 겪었었습니다. 이러한 마음으로 앞으로 시리즈 영상을 계속 제작해보려 합니다. 구독과 좋아요 로 많은 응원 부탁드리겠습니다 :) 프로그래밍 또는 생물정보학을 시작하시는 여러분들께 도움이 되셨음 좋겠습니다. 오늘은 생물정보학에 처음 입문하시거나 파이썬이 익숙치 .. 2020. 6. 7. [바이오파이썬] 5.1.1 SeqIO 모듈로 서열 파일 읽기 - FASTA 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 SeqIO 로 파일읽는 방법에 대해 알아보겠습니다. SeqIO로는 FASTA, FASTQ, GenBank 등의 파일을 읽을 수 있는데 오늘은 SeqIO의 메서드와 FASTA 파일 읽기를 살펴보겠습니다. 목표 SeqIO 모듈의 Sequence 파일을 읽는 두 가지 메서드인 SeqIO.read(), SeqIO.parse()에 대해 알아보겠습니다. SeqIO 모듈을 활용하여 FASTA 파일을 읽는 방법에 대해 알아보겠습니다. 준비물 오늘은 준비물이 없습니다 ㅎㅎ 예시 파일은 우리가 그냥 메모장으로 만들어봐요~ SeqIO의 두 가지 메서드 SeqIO 모듈을 가지고 Sequence 파일을 읽을 때 두 가지 메서드가 있습니다. SeqIO.read() SeqIO.parse() 간단히 .. 2018. 12. 24. [바이오파이썬] 4.4 SeqRecord 비교 - NotImplemented 오류 - 파이썬 객체간의 비교 __eq__ 의 의미 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 SeqRecord 객체 간의 비교에 대해 알아보겠습니다. 목표 이전 포스팅까지 SeqFeature 객체에 대해 배워봤습니다. http://korbillgates.tistory.com/141http://korbillgates.tistory.com/144 오늘은 SeqRecord 객체 간의 비교하는 방법에 대해 알아보겠습니다. 그리고 그냥 끝내면 아쉬우니!! ㅋㅋ __eq__ 에 대해서도 알아볼까요? 준비물 오늘은 준비물이 없습니다 ㅎㅎ 그냥 biopython을 실행해주세요 ㅎㅎ SeqRecord 객체 비교 Seq 객체에 id 를 넣어서 SeqRecord 객체를 만들어 보겠습니다. 서열은 그냥 아무거나 넣어보죠 ㅎㅎ "ACGT" 로 해 볼까요? 123456from Bio.Se.. 2018. 5. 26. [바이오파이썬] 4.3.2 SeqFeature 의 position, location 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 SeqFeature 에서 Position 과 Location 에 대하여 알아보겠습니다. 목표 이전 포스팅에서 SeqFeature 객체에 대해 배워봤습니다. http://korbillgates.tistory.com/141 오늘은 SeqFeature에서 위치를 나타내는 position과 location에 대해 알아보겠습니다. 준비물 실습에 사용할 파일입니다 ㅎㅎ https://raw.githubusercontent.com/biopython/biopython/master/Tests/GenBank/NC_005816.gb 다운 받아 주세요 Position과 Location SeqFeature 객체에서 영역을 설명하는 방식에는 두 가지가 있습니다. Position 은 한 지점의 영역.. 2018. 5. 24. 이전 1 2 3 다음 반응형
