반응형 생물정보학90 [minimap2] minimap2 설치 및 수행 방법 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 Heng Li 의 새로운 mapping tool 인 minimap2 의 설치 및 수행 방법에 대해 작성해 보겠습니다. 목차 1. minimap2 다운로드2. minimap2 설치3. minimap2 수행 1. minimap2 다운로드 1) 사이트에 접속합니다https://github.com/lh3/minimap2 2) 자료 다운로드 저는 git clone 으로 자료를 다운받았습니다. 사이트에서 빨간색으로 네모 친 부분을 눌러 git 주소를 복사 합니다. 터미널에서 git clone 명령어로 다운 받습니다. 1$ git clone https://github.com/lh3/minimap2.git 2. minimap2 설치 1) 다운 받은 minimap2 디렉터리에 들어갑니다... 2018. 11. 18. [한주현의 Genome mining] 세계 10대 시퀀싱 회사 순위 안녕하세요. 한주현입니다. 오늘은 세계 10대 시퀀싱 회사 순위에 대해 알아보겠습니다. 목차 1. 폭발적인 성장세를 보이는 NGS(Next-Generation Sequencing) 시장 2. 세계 10대 Sequencing 회사 1. 폭발적인 성장세를 보이는 NGS(Next-Generation Sequencing) 시장 美 마케팅 조사업체 MarketsAndMarkets에 의하면, 2018년 현재 57억 달러 (한화 약 6조4500억원) 규모의 NGS (Next-Generation Sequencing, 차세대 염기서열분석) 시장이 163.5억 달러(한화 약 18조 5천억원) 규모로 성장할것으로 내다봤다. [1] NGS 시장의 주요 서비스 항목은 1) 샘플을 시퀀싱 기계에 넣기 전 샘플을 준비를 하는 과정.. 2018. 11. 18. [Tool] gnomAD 란? gnomAD vcf 다운로드 방법 및 압축 푸는 방법- gnomAD 활용 방법 - gnomad vcf bgz: unknown suffix -- ignored 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 gnomAD vcf 다운로드 방법과 압축 푸는 방법에 대해 알아보겠습니다. 목차 0. gnomAD 란?1. gnomAD vcf 다운로드 방법2. gnomAD vcf 압축 푸는 방법3. gnomAD 특징 및 활용 0. gnomAD 란? gnomAD (The Genome Aggregation Database) 는 다량의 exome 과 whole genome 시퀀싱 프로젝트를 통해 데이터를 모은 것으로 데이터셋에는 125,748개의 exome과 15,708개의 whole genome 데이터가 있습니다. gnomAD 이전에 exome 데이터로만 데이터베이스를 낸 적이 있는데 ExAC(Exome Aggregation Consortium) 로 알려져있습니다. 다음 그래프를 보시면 얼.. 2018. 11. 17. [생물정보학] VCF에서 snpEff html report의 정보 내용 가져오기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 VCF 파일에서 snpEff html report의 정보들을 가져오는 방법에 대해 알아보겠습니다. 목차 0. 시작하며1. VCF 파일 파싱 0. 시작하며 블로그를 방문해주신 선생님께서 vcf파일을 snpEff 에 넣어 나오는 html report 의 스탯 뽑는 방법에 대해 문의해주셨습니다. VCF 파일을 파싱하면 되겠군요. 파이썬으로 진행해보겠습니다. 다음 예시에서는 Variants rate details 와 Number variants by type 을 뽑아보겠습니다. 코딩 한 번 해보죠.. ㅋㅋ 1. VCF 파일 파싱 다음과 같이 코드를 만들어봤습니다. VcfParser 의 메서드 부분의 역할을 보시면서 필요한 부분 가져가심 될 것 같습니다. 실행하면 다음과 같이 나옵.. 2018. 11. 16. 이전 1 ··· 6 7 8 9 10 11 12 ··· 23 다음 반응형
