반응형 생물정보학90 [fastqe] fastqe , fastq 파일의 quality를 이모티콘으로! , fastq 파일이란? 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 fastqe 라고 재미난 라이브러리를 하나 소개해 보겠습니다. ㅎㅎ fastqe 개발자님 페이지 https://fastqe.com/https://github.com/lonsbio/fastqe fastq에 emoji (에모지, 이모티콘) 정보를 더한 fastqe에 대해 적어보겠습니다 fastq의 quality를 아래와 같이 emoticon 으로 나타낸 것 이지요. fastqe를 알아보기 전에 간단하게 fastq가 어떤 포맷의 파일인지 알아볼까요? fastq? fastq는 시퀀서에서 읽은 염기서열의 정보를 4줄에 걸친 텍스트 정보로 나타낸 것 입니다. fastq 각 줄의 정보 첫 번째 줄: @ 로 시작하여 sequence identifier를 나타냅니다.두 번째 줄: raw .. 2018. 7. 29. [GATK] pileup 파일 얻기 - bam 에서 쌓인 read base 얻기 - gatk pileup 분석 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 GATK의 툴 중 하나인 Pileup 에 대해 알아보겠습니다. Pileup 이란? pileup 은 말 그대로 쌓아 올린것을 의미합니다 ㅎㅎ Reference 서열에 맞춘 read 들을 쭉~ 쌓아 올린 것을 pileup 이라고 하지요 그림을 하나 그려봤습니다 ㅎㅎ.. 뱀뱀이 프로그래밍 만화도 많이 봐주세요 ㅎㅎ 링크 : http://korbillgates.tistory.com/category/뱀뱀이 프로그래밍 만화/단편작 참고로 아래는 쌓인 read 들을 보여주는 여러가지 소프트웨어 입니다 ㅎㅎ IGV (Integrative Genomics Viewer) - Broad Institute Samtools tview GATK Pileup - GATK3.x , GATK4 GATK.. 2018. 6. 21. [바이오파이썬] 4.4 SeqRecord 비교 - NotImplemented 오류 - 파이썬 객체간의 비교 __eq__ 의 의미 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 SeqRecord 객체 간의 비교에 대해 알아보겠습니다. 목표 이전 포스팅까지 SeqFeature 객체에 대해 배워봤습니다. http://korbillgates.tistory.com/141http://korbillgates.tistory.com/144 오늘은 SeqRecord 객체 간의 비교하는 방법에 대해 알아보겠습니다. 그리고 그냥 끝내면 아쉬우니!! ㅋㅋ __eq__ 에 대해서도 알아볼까요? 준비물 오늘은 준비물이 없습니다 ㅎㅎ 그냥 biopython을 실행해주세요 ㅎㅎ SeqRecord 객체 비교 Seq 객체에 id 를 넣어서 SeqRecord 객체를 만들어 보겠습니다. 서열은 그냥 아무거나 넣어보죠 ㅎㅎ "ACGT" 로 해 볼까요? 123456from Bio.Se.. 2018. 5. 26. [바이오파이썬] 4.3.2 SeqFeature 의 position, location 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 SeqFeature 에서 Position 과 Location 에 대하여 알아보겠습니다. 목표 이전 포스팅에서 SeqFeature 객체에 대해 배워봤습니다. http://korbillgates.tistory.com/141 오늘은 SeqFeature에서 위치를 나타내는 position과 location에 대해 알아보겠습니다. 준비물 실습에 사용할 파일입니다 ㅎㅎ https://raw.githubusercontent.com/biopython/biopython/master/Tests/GenBank/NC_005816.gb 다운 받아 주세요 Position과 Location SeqFeature 객체에서 영역을 설명하는 방식에는 두 가지가 있습니다. Position 은 한 지점의 영역.. 2018. 5. 24. 이전 1 ··· 9 10 11 12 13 14 15 ··· 23 다음 반응형
