반응형 생물정보학90 [바이오파이썬] 4.3.1 SeqFeature 객체 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 Biopython에서 SeqFeature 객체에 대하여 알아보겠습니다. 바이오파이썬에서 새로 로고가 나왔더군요 ㅎㅎ 참 예쁘게 잘 만드신 것 같습니다 ㅎㅎㅎ 목표 이전 포스팅에서 FASTA, GenBank 파일로 부터 SeqRecord 객체를 만드는 방법에 대해 배워봤습니다. http://korbillgates.tistory.com/89 오늘은 SeqRecord 의 정보를 담고 있는 SeqFeature 객체에 대해 알아보려 합니다. 준비물 실습에 사용할 파일입니다 ㅎㅎ https://raw.githubusercontent.com/biopython/biopython/master/Tests/GenBank/NC_005816.gb 다운 받아 주세요 ㅎㅎ SeqFeature 객체 .. 2018. 5. 22. [GATK] DepthOfCoverage 란? Depth of coverage의 soft clip 처리. Depth of coverage 분석 방법 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 GATK의 툴 중 하나인 DepthOfCoverage 에 대해 알아보고, Soft Clip을 처리하는 방식과 DepthOfCoverage 의 command line에 대해 알아보겠습니다. Depth Of Coverage 란? DepthOfCoverage 는 GATK 의 Tool 중의 하나로, 말 그대로 Coverage의 Depth를 계산해줍니다. 아래 그림은 Reference genome에 mapping 된 read들을 표현한 그림입니다. 100bp 가 되는 12개의 read들이 reference sequence에 맞게 mapping 된것인데요, 왼쪽의 covered region의 길이가 350bp라고 해봅시다. mapping된 read는 총 1,200bp 이며, 계산식에.. 2018. 5. 16. [GATK] VCF index 파일 생성 3가지 방법, VCF 인덱스 만들기 - GATK3, GATK4, bgzip, tabix 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 VCF 파일에서 index를 만드는 방법에 대해서 알아보겠습니다. VCF파일은 Variant Calling Format 파일의 약자로 파일에 대한 소개는 아래 링크를 참고해주세요 ㅎㅎ http://korbillgates.tistory.com/136 - VCF 파일 소개 파일 indexing 이란? 파일의 indexing 은 random access를 용이하게 하기 위해 key 값을 만드는 과정입니다. indexing 은 우리말로 색인 이라고도 말합니다. 쉽게 말해 종이 사전을 예시로 들어봅시다 ㅎㅎ.. 우리가 Sea 를 찾는 다고 하면, 종이 사전 옆구리의 알파벳 S쪽을 열어보겠죠? 만약 사전 옆구리의 알파벳이 없다면 찾기가 조금 더 힘들고 시간이 오래 걸릴 것 입니다 ㅎ.. 2018. 4. 10. [VCF] VCF 파일의 DP, AD, MQ 의 의미 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 VCF 파일의 DP, AD, MQ 의 의미에 대해서 알아보겠습니다. VCF파일은 Variant Calling Format 파일의 약자이며 전반적인 파일에 대한 소개는 이전 포스팅인 http://korbillgates.tistory.com/136 - VCF 파일 소개 를 참고해주세요 ㅎㅎ 오늘은 DP, AD, MQ의 의미에 대해 더 자세히 알아보겠습니다. VCF 파일의 컬럼과 FORMAT 컬럼 VCF 파일을 살펴보면 아래와 같이 생겼습니다 ㅎㅎ; 데이터 라인은 아래와 같은 8개 컬럼이 있고 컬럼명 의미 설명 CHROM Chromosome Position의 chromosome 번호를 의미합니다. POS Position Reference 의 Position을 의미합니다. ID .. 2018. 3. 18. 이전 1 ··· 10 11 12 13 14 15 16 ··· 23 다음 반응형
