반응형 생물정보학90 [LINUX] FASTQ에서 random read 골라내기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 FASTQ에서 random하고 read1, read2 pair에 맞춰서 read를 골라내는 방법 에 대하여 알아보겠습니다. LINUX command 사용 FASTQ에서 random read 골라내기 - 준비물 준비물1) LINUX (Ubuntu, CentOS 등)linux 명령어를 사용하여 진행합니다. 2) 실습 FASTQ 파일https://raw.githubusercontent.com/KennethJHan/blogdata/master/read_1.fastqhttps://raw.githubusercontent.com/KennethJHan/blogdata/master/read_2.fastqSize: 2.5KB, 2.5KB 실습파일은 제가 그냥 10개의 read pair로 만.. 2017. 12. 7. [samtools] BAM 파일을 FASTA, FASTQ 파일 형식으로 변환하기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 samtools로 BAM파일의 정보를 가지고 FASTA, FASTQ 파일 형식으로 바꾸는 방법 에 대하여 알아보겠습니다. samtools samtools 로 BAM 파일에서 FASTA, FASTQ 파일형식으로 변환 - 준비물 준비물1) samtoolssamtools 설치가 되어 있지 않다면 다음 링크들을 참고해 주세요 - samtools 공식 다운로드 페이지http://www.htslib.org/download/ - samtools 설치 방법http://korbillgates.tistory.com/57 2) 실습 bam 파일http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeUwRepliSeq/wgEncode.. 2017. 11. 22. [samtools] BAM 파일에서 특정 chromosome 영역 추출하기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 samtools로 BAM파일에서 원하는 chromosome 또는 영역을 추출하는 방법 에 대하여 알아보겠습니다. samtools samtools 로 BAM파일에서 원하는 chromosome 또는 영역을 추출하는 방법 - 준비물 준비물1) samtoolssamtools 설치가 되어 있지 않다면 다음 링크들을 참고해 주세요 - samtools 공식 다운로드 페이지http://www.htslib.org/download/ - samtools 설치 방법http://korbillgates.tistory.com/57 2) 실습 bam 파일http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeUwRepliSeq/wgEncod.. 2017. 11. 22. [SnpEff] SnpEff 사용방법2 VCF annotation, SnpEff ANN field, Sequence Ontology term 설명 안녕하세요 한주현 입니다. 오늘은 SnpEff 로 VCF annotation하는 간단한 명령어와 annotation된 VCF의 컬럼에서 ANN field 중 annotation, Annotation_Impact 컬럼에 대해 알아보겠습니다. SnpEff 설치 방법에 대해 찾으신다면 다음 링크를 참고해주세요http://korbillgates.tistory.com/61 SnpEff 사용방법1 - 다운로드 및 설치, vcf annotation 위의 링크에서도 알아봤듯이 VCF annotation 하는 명령어를 간단히 리뷰해보도록 하겠습니다. SnpEff로 VCF annotation 하는 방법 java -jar snpEff.jar hg19 in.vcf > out.vcf java 1.7이상 에서 작동하며 라인이 많.. 2017. 10. 31. 이전 1 ··· 13 14 15 16 17 18 19 ··· 23 다음 반응형
