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생물정보학90

[dbSNP] rsID 로 chromosome position, gene 찾기 안녕하세요 한주현 입니다 개인유전체 시장이 열리면서 게놈 뿐만아니라 특정 위치의 알려진 변이를 나타내는 rsID를 생물정보학 분석가 뿐만 아니라 일반인들도 보실 기회가 점점 늘어 나고 있습니다 그런데 rsID 그 자체로는 "rs712829" 처럼 이것만 봐서는 무슨 의미인지 알 수가 없는데요,그래서 rsID에서 의미를 찾아내는 포스팅을 시리즈로 작성하고 있습니다 오늘은 dbSNP의 restAPI 사용법에 대하여 포스팅해보겠습니다 ensembl 서버에 dbSNP rs Number를 보내서 JSON 형태로 받아오도록 하는 것으로 간단히 도식화 하면 다음과 같습니다 출처: http://korbillgates.tistory.com/76 [생물정보학자의 블로그]오늘은 dbSNP의 restAPI 사용법에 대하여 포.. 2017. 8. 4.
[dbSNP] dbSNP rest API 사용법 - rsID 로 chromosome position 찾기 안녕하세요 한주현 입니다 오늘은 dbSNP의 restAPI 사용법에 대하여 포스팅해보겠습니다 ensembl 서버에 dbSNP rs Number를 보내서 JSON 형태로 받아오도록 하는 것으로 간단히 도식화 하면 다음과 같습니다 사용 방법http://grch37.rest.ensembl.org/variation/human/rs116035550?content-type=application/json 붉은색 부분을 rs number로 교체하면 아래와 같이 json이 반환됩니다 {"source":"Variants (including SNPs and indels) imported from dbSNP","mappings":[{"location":"11:212464-212464","assembly_name":"GRCh3.. 2017. 4. 26.
[PDF phaser] pdf 8페이지씩 양면으로 뽑을 때 책모양으로 인쇄를 도와주는 툴 - pdf 책 모양으로 뽑기 안녕하세요 한주현 입니다 오늘은 제가 만든 툴에 대해서 소개해드릴까 합니다 PDF phaser 는 문서를 8페이지 씩 페이지를 양면 복사 하실 때 페이지를 나누어 그냥 1/4로 잘라 바로 책으로 만들 수 있게 도와주는 툴입니다 책모양으로 인쇄하고 싶은 페이지 번호를 넣어주시면, 페이지 섞음 없이 바로 책 모양으로 쉽게 잘라 만들 수 있는 툴을 소개해드립니다 여담이지만, 이 페이지는 아내가 페이지를 인쇄하여 한 장씩 맞추고 있는 안쓰러운 모습을 본 후 만들었는데, 8페이지씩 양면 인쇄 때 사용할 경우 꽤나 유용하게 쓸 수 있을 것 같습니다 ㅎㅎ; 사용방법1. 아래 #1 칸에 페이지를 넣어줍니다 예를 들어 30 페이지를 뽑고 싶으시면 30을 넣어 줍니다 2. 그러면 #2 에서 페이지 번호가 계산되어 나옵니다.. 2017. 4. 15.
[바이오파이썬] 03. Sequence 객체 안녕하세요 한주현입니다. 이번 강좌에서는 바이오파이썬의 기본이 되는 Sequence 객체에 대해서 알아보고자 합니다. 이전 강좌 (02. 바이오파이썬으로 할 수 있는 일 들) 에서 잠깐 보여드렸듯이 Sequence 객체는 다음과 같이 만들 수 있습니다. >>> from Bio.Seq import Seq >>> my_seq = Seq("AGTACACTGGT") >>> my_seq Seq('AGTACACTGGT', Alphabet()) >>> my_seq.alphabet Alphabet() >>> print(my_seq) AGTACACTGGT >>> print(my_seq.lower()) agtacactggt >>> len(my_seq) 11 >>> 위의 예제에서 보는 것 처럼 Seq 을 통해 Sequenc.. 2017. 4. 9.
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