반응형 생물정보학90 [VCF] 01. VCF 파일에서 PASS filter 하기 안녕하세요 한주현입니다 생물정보학 코딩 연습과 파일 형식을 익히기 위한 포스팅 첫 번째 시간입니다 오늘은 VCF를 활용한 생물정보학 문제를 포스팅하겠습니다 문항) VCF파일에서 PASS filter하기VCF (Variant Calling Format) 파일은 텍스트 형식의 파일로 meta-information lines, Header, data lines 로 구성되어있습니다 이번 문항에서는 VCF 의 Data Line에서 7번째 컬럼인 FILTER 컬럼에서 PASS로만 찍혀있는 line의 개수를 세어 출력하겠습니다.문항에 해당하는 VCF는 아래의 VCF를 사용하세요. https://raw.githubusercontent.com/KennethJHan/Bioinformatics_smalltalk_Python.. 2017. 4. 3. [공지] 생물정보학 연습문제 카테고리를 시작하며 안녕하세요 한주현 입니다 제가 현재 근무하고 있는 마크로젠에서는 신규 Bioinformatics(생물정보학) 분석부 입사자에 대하여 코딩테스트를 진행하고 있습니다. 2015년 11월 20일 처음 마크로젠에서 코딩테스트 면접을 맡게 된 이래로 현재까지 마크로젠에서 코딩테스트를 진행하고 있습니다. Bioinformatics 의 융복합적인 직업 특성 상 여러 전공자들의 지원이 있습니다만, 대부분 생명과학과 또는 컴퓨터공학 전공자들이 우리 회사의 문을 두드리고 있습니다. 생명과학과 전공자들이 기존 wet-lab에서 시야를 넓혀 컴퓨터 분석을 하는 dry-lab으로 관심을 가지고 학습하는 것은 매우 고무적인 일이라 생각합니다. 생물정보학의 열기를 느낄 수 있었던 일례로, 저는 판교의 바이오협회에서 진행하고 있는 .. 2017. 4. 3. SnpEff 사용방법1 - 다운로드 및 설치, vcf annotation 안녕하세요 한주현 입니다 오늘은 snpEff 를 간략히 소개해 드리고,다운로드 및 설치, vcf annotation 까지 진행해보고자 합니다 목차 1. SnpEff 소개 1.1 시스템 사양 1.2 라이센스 2. SnpEff 다운로드3. SnpEff 설치4. SnpEff 를 사용한 vcf annotation 4.1 데이터베이스 받기 4.2 커맨드라인5. 마치며 1. SnpEff 소개 SnpEff 는 annotation tool로 variant를 annotation 하고 아미노산 change 와 같은 genetic effect를 예측하여 정보를 붙여주는 tool 입니다.사용방법도 간단하여 SnpEff에 VCF를 인자로 넣어주면, SnpEff 에서 계산하여 annotation을 진행해줍니다.SnpEff 에서 .. 2017. 3. 31. wANNOVAR - 웹기반 Annotation Tool 안녕하세요 한주현 입니다 한 가지 질문으로 이번 포스트를 시작해 보겠습니다 웹상에서 Chromosome, Position, Ref, Alt 의 정보로 그 지역에 해당하는 gene을 가지고 올 수 있을까요?네 가능합니다 :) 오늘은 웹기반 annotation tool 에 대하여 소개 해드리고자 합니다 URL http://wannovar.wglab.org 1) 먼저 wANNOVAR 에 접속한 화면입니다 2) 스크롤을 내리다 보면 Basic Information 부분이 나오게 되는데요,이곳 입력창에 정보를 채우시면 됩니다 - Email : annotation 이 끝났을 때 결과 알림이 전달 되는 email 주소- Sample Identifier : 샘플을 구별 할 수있는 id- Input File : VCF,.. 2017. 3. 24. 이전 1 ··· 18 19 20 21 22 23 다음 반응형
