반응형 samtools10 [생물정보학 유튜브 강의] 생물정보학 툴 설치 (samtools) 및 bam 파일 보는 방법 안녕하세요 한주현 입니다. 생물정보학 유튜브 강의를 하나 더 제작하였습니다. 오늘은 "생물정보학 리눅스 툴 설치 (samtools) 및 bam 파일 보는 방법" 의 주제로 포스팅해보겠습니다. 생물정보학을 처음 접하고, 리눅스를 처음 접한 생물정보학 꿈나무라면, 리눅스에서 툴 설치는 큰 산으로 다가올 수 있습니다. 동영상 강좌가 도움이 되셨으면 좋겠습니다. 오늘은 생물정보학에 처음 입문하시고 리눅스가 익숙치 않으신 분들을 위해, 생물정보학 툴 중 하나인 samtools를 설치하고 bam 파일을 보는 방법에 대해 유튜브 동영상을 만들어서 업로드 해보았습니다. 유튜브 구독과 좋아요 많이 부탁드릴게요! 그럼 담에 또 만나요~~ 2020. 6. 14. [강의자료] 생물정보학 강의, FASTQ, BAM, VCF, samtools 설치 안녕하세요 한주현입니다. 감사하게도 기회가 되어 2019년부터 서울여대 학생들께 생물정보학을 가르치러 강의를 나가고 있습니다. 강의를 열어주신 김명겸 교수님께 이 자리를 빌어 감사의 말씀드립니다. 강의 주제는 생물정보학 전반에 대한 내용으로 다음과 같은 주제를 다루었습니다. 리눅스 다루기 시퀀싱과 염기서열 분석 리눅스에서 생물정보학 툴 설치 간단한 파이프라인 만들기 (BWA-GATK) github 사용하기 클라우드 컴퓨팅 환경 사용하기 (AWS (Amazon Web Service) 또는 GCP (google cloud platform)) 바이오파이썬 실무에서 있던 에피소드들 등등.. 1년간 여러 주제와 실무 환경을 학부생들의 눈높이에 맞게 강의 했었네요 이번 2020년도 1학기의 경우 코로나19로 인해 .. 2020. 5. 21. [뱀뱀이 프로그래밍 만화] Pileup Read - 생물정보학 안녕하세요 한주현 입니다 :) 오늘은 생물정보학 포맷 개념 중 하나인 pileup 에 대해서 그려보았습니다. Pileup pileup 은 기준이 되는 서열에 sequencer (샘플로 부터 염기서열을 읽는 기계) 에서 나온 Read(리드, sequencer 가 한 번 동안에 읽은 서열)를 잘~ 맞게 붙여서 만든 파일 (sam 또는 bam 파일)에서 쌓아 올라가는 방식으로 read를 표현한 포맷 입니다 ㅎㅎ... 어려운데 말 또한 기네요;; ㅜㅜ GATK 로 해당 파일을 생성해 낼 수 있습니다. 다음 링크를 참고해 주세요 ㅎㅎ 링크 : http://korbillgates.tistory.com/165 어려운 내용 쉽게 풀어보고자 열심히 그림을 그려보고 있습니다!! 꼭 도움이 되셨으면 좋겠네요 ㅎㅎ 생물정보학.. 2018. 6. 21. [GATK] pileup 파일 얻기 - bam 에서 쌓인 read base 얻기 - gatk pileup 분석 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 GATK의 툴 중 하나인 Pileup 에 대해 알아보겠습니다. Pileup 이란? pileup 은 말 그대로 쌓아 올린것을 의미합니다 ㅎㅎ Reference 서열에 맞춘 read 들을 쭉~ 쌓아 올린 것을 pileup 이라고 하지요 그림을 하나 그려봤습니다 ㅎㅎ.. 뱀뱀이 프로그래밍 만화도 많이 봐주세요 ㅎㅎ 링크 : http://korbillgates.tistory.com/category/뱀뱀이 프로그래밍 만화/단편작 참고로 아래는 쌓인 read 들을 보여주는 여러가지 소프트웨어 입니다 ㅎㅎ IGV (Integrative Genomics Viewer) - Broad Institute Samtools tview GATK Pileup - GATK3.x , GATK4 GATK.. 2018. 6. 21. 이전 1 2 3 다음 반응형
