[강의자료] 생물정보학 강의, FASTQ, BAM, VCF, samtools 설치

 

 

 

 

안녕하세요 한주현입니다.

 

감사하게도 기회가 되어 2019년부터 서울여대 학생들께 생물정보학을 가르치러 강의를 나가고 있습니다. 강의를 열어주신 김명겸 교수님께 이 자리를 빌어 감사의 말씀드립니다.

 

강의 주제는 생물정보학 전반에 대한 내용으로 다음과 같은 주제를 다루었습니다.

 

리눅스 다루기

시퀀싱과 염기서열 분석

리눅스에서 생물정보학 툴 설치

간단한 파이프라인 만들기 (BWA-GATK)

github 사용하기

클라우드 컴퓨팅 환경 사용하기 (AWS (Amazon Web Service) 또는 GCP (google cloud platform))

바이오파이썬

실무에서 있던 에피소드들

등등..

 

1년간 여러 주제와 실무 환경을 학부생들의 눈높이에 맞게 강의 했었네요

 

이번 2020년도 1학기의 경우 코로나19로 인해 대면수업이 불가능하기에 정상적인 강의를 할 수 없었습니다.

 

특히 실습강의이고 학생분들의 트러블슈팅을 보면서 같이 해야하기에 대면강의가 아니면 어려움이 많았는데요..

 

그래서 작년에 사용하였던 강의자료에 많은 타이핑을 집어넣어

 

슬라이드만 보고 따라하실 수 있게 자료를 만들어 봤습니다.

 

이번 강의의 경우 생물정보학의 기본 파일 포맷인 FASTQ, BAM, VCF 파일을 살펴보고 간단한 실습으로

 

파이썬 코딩으로 파일 파싱하는 것을 넣었고,

 

생물정보학 툴 중 하나인 samtools 를 설치하고, samtools tview를 사용하여 bam 파일을 살펴보는 것으로 강의 구성하였습니다.

 

강의 자료는 슬라이드쉐어로 공유하겠습니다.

 

혹시 궁금하시거나 하실 말씀이 있다면 메일로 남겨주심 되겠습니다.

 

 

200523 서울여대 BI 코딩실무 강의 자료 from Joohyun Han

 

한 술에 배부를 수 없기에, 앞으로도 종종 자료들 많이 만들어서 공유해보도록 하겠습니다.

 

그리고 여유를 좀 만들어서, 강의를 찍어서 동영상으로도 올려볼 예정입니다. 많이 봐주세요 ㅋㅋ..

 

 

여러분들 그럼 건강하시고요

 

다음에 또 뵙겠습니다 ^^