반응형 samtools10 [samtools] sam, bam 파일간 변환 방법, sam to bam , bam to sam 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 samtools로 sam, bam 파일간 변환 방법 에 대하여 알아보겠습니다. samtools samtools 로 SAM, BAM 간 파일 변환 - 준비물 준비물 1) samtools samtools 설치가 되어 있지 않다면 다음 링크들을 참고해 주세요 - samtools 공식 다운로드 페이지 http://www.htslib.org/download/ - samtools 설치 방법 http://korbillgates.tistory.com/57 2) 실습 bam 파일 http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeUwRepliSeq/wgEncodeUwRepliSeqBg02esG1bAlnRep1.bam Siz.. 2017. 12. 12. [samtools] BAM 파일을 FASTA, FASTQ 파일 형식으로 변환하기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 samtools로 BAM파일의 정보를 가지고 FASTA, FASTQ 파일 형식으로 바꾸는 방법 에 대하여 알아보겠습니다. samtools samtools 로 BAM 파일에서 FASTA, FASTQ 파일형식으로 변환 - 준비물 준비물1) samtoolssamtools 설치가 되어 있지 않다면 다음 링크들을 참고해 주세요 - samtools 공식 다운로드 페이지http://www.htslib.org/download/ - samtools 설치 방법http://korbillgates.tistory.com/57 2) 실습 bam 파일http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeUwRepliSeq/wgEncode.. 2017. 11. 22. [samtools] BAM 파일에서 특정 chromosome 영역 추출하기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 samtools로 BAM파일에서 원하는 chromosome 또는 영역을 추출하는 방법 에 대하여 알아보겠습니다. samtools samtools 로 BAM파일에서 원하는 chromosome 또는 영역을 추출하는 방법 - 준비물 준비물1) samtoolssamtools 설치가 되어 있지 않다면 다음 링크들을 참고해 주세요 - samtools 공식 다운로드 페이지http://www.htslib.org/download/ - samtools 설치 방법http://korbillgates.tistory.com/57 2) 실습 bam 파일http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeUwRepliSeq/wgEncod.. 2017. 11. 22. [Samtools] BAM 파일에서 Duplicated Read 찾기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 bam 파일로 부터 duplicate read만 가져오는 방법에 대해 알아보겠습니다 필요한 툴, 파일 samtools실습할 bam 파일 samtools 설치는 다음 링크를 참고해주세요.설치 방법은 버전이 달라도 대개 비슷비슷합니다 ㅎㅎ; http://korbillgates.tistory.com/57 NGS 분석에서는 기술특성상 필연적으로 PCR duplicate(또는 optical duplicate) 가 생길 수 밖에 없습니다.이 부분에 대해서는 다음 포스팅에서 만나도록 하겠습니다 ㅎㅎㅎ duplicate의 존재는 samtools로 stat을 확인해보면 나오는데요,각자 가지고 계신 bam파일을 가지고 아래와 같은 command를 실행해봅시다. Command $ samtoo.. 2017. 10. 30. 이전 1 2 3 다음 반응형
