반응형 전체 글244 [뱀뱀툰] 컴퓨터 새로산 만화 안녕하세요 한주현 입니다. 제가 컴퓨터를 하나 장만했습니다. 오랫동안 맥북 (2014) 을 쓰다가.. 하나 좋은 것을 장만했네요 ㅋㅋ 사양이 좋은 만큼 좋은 데이터 만들 수 있도록 ! 더욱 열심히 일하겠습니다 ㅋㅋㅋㅋㅋ 그럼 담에 또 만나요~~ 2020. 4. 24. [생물정보학] vcf 파일 chromosome, position 별로 정렬 sorting 하기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 vcf 파일을 chromosome 별로 position 별로 정렬 sorting 하는 방법에 대해 알아보겠습니다. 들어가며 가끔 vcf 파일이 다음과 같이 sorting 되어있지 않는 경우가 있는데요, 이렇게 정렬이 되어있지 않으면 어떤 툴들에서는 정렬이 안되었다고 오류가 띡! 뜹니다 ... 정렬이 안된 vcf 파일을 다음과 같이 정렬하고 싶은거죠. 참고로 vcf 파일은 임의로 생성하였고 편의상 chromosome, position, ref, alt 만 값을 넣었고 나머지는 점(.) 으로 채웠습니다. VCF 정렬하기 vcf를 정렬하는 방법에는 여러가지가 있습니다만, 프로그램 쓰지 않고 간단히 정렬하는 방법을 찾으시는 분들께, 다음의 리눅스 기본 명령어로 간단히 vcf 파일.. 2020. 3. 8. [생물정보학 파이썬] 코로나 바이러스-19 (COVID-19) 서열 분석, WebLogo, Multiple Sequence Alignment, 계통수 (phylogenetic tree) 그리기 시작하며 안녕하세요 한주현입니다 2020년 연초 COVID-19, 코로나바이러스감염증-19 (이하 코로나 바이러스)로 전세계적으로 많은 확진자들이 나왔고 아직까지도 기세가 멈추지 않는듯 보입니다. 하지만 발달한 과학 기술로 각국의 의료진 및 과학자들은 빠르게 바이러스의 실체를 밝혀내었고 금세 바이러스의 전체 서열이 웹에 공개 되었습니다. 이번 포스팅에서 생물정보학자인 제가 쓸 내용은, 각국에서 시퀀싱한 코로나 바이러스 서열들을 다운받고 WebLogo를 그려서 어떠한 부분이 보존된 서열(conserved sequence)인지, 계통수(phylogenetic tree)를 그려 각 서열간의 유사도를 살펴보는 시간을 가져보겠습니다. 다음 그림을 만들어 보는게 이번 포스팅의 목표입니다. 분석의 진행은 사용하기 편.. 2020. 3. 1. [AWS] S3 다운로드 , 업로드 속도 제한 방법 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 AWS (Amazon Web Service)에서 S3의 파일을 서버로 받거나 업로드 할 때 최대 속도 제한하는 방법에 대해 알아보겠습니다. AWS에서 S3 다운로드 또는 업로드 속도 제한은 언제 필요한가요? 연구실 또는 회사에서는 네트워크를 나 혼자 사용하기보다 여럿이서 사용합니다. 그런데 AWS에서 대용량 파일을 받는다고 하면 다른 사람들의 속도가 느려지는 현상이 발생합니다. 그래서 네트워크 자원을 조금 사용하여 문제를 해결하는 것이죠. 참고1 우선 aws-cli 가 설치 되어있어야 합니다. aws 라는 커맨드를 cli 환경, 즉 터미널에서 실행할겁니다. 설치는 다음과 같이 진행할 수 있습니다. $ pip install aws-cli aws-cli 설치하는 방법에 대해 .. 2020. 2. 23. 이전 1 ··· 6 7 8 9 10 11 12 ··· 61 다음 반응형
