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BED 파일을 ucsc genome browser에 추가하는 방법 시작하며 안녕하세요, 한주현입니다. 오늘은 bed 파일을 ucsc genome browser에 추가하는 방법에 대해 알아보겠습니다. 목차 bed 파일 준비하기 genome browser에 넣기 bed 파일 준비하기 다음 예시 링크에 들어가 bed 파일을 다운받습니다. https://github.com/KennethJHan/Genome-Analysis-Tutorial/blob/master/result/kit.pad.sort.merge.bed genome browser에 넣기 1) http://genome.ucsc.edu 에 접속하여 Genomes의 Human GRCh37/hg19 을 클릭한다. 2) 다음 화면의 아래에 add custom tracks 버튼을 클릭한다. 3) Choose File 버튼을 누른.. 2019. 10. 6.
아마존 AWS S3란? AWS S3 Glacier 에서 파일 꺼내는 방법 시작하며 안녕하세요, 한주현입니다. 오늘은 아마존 AWS S3 Glacier에서 파일 꺼내는 방법에 대해 알아보겠습니다. 목차 아마존 AWS S3 란? aws cli 설치하기 S3에서 파일 다운 받기 S3에서 파일 복원(restore)하기 S3에서 파일 복원 과정 확인하기 아마존 AWS S3 란? 아마존 AWS S3는 아마존에서 제공하는 Simple Storage Service 로 99.99999999999%의 안정성을 가진 저장공간입니다. 저는 주로 업무에서 S3 서비스를 유전체 데이터의 저장공간, 서버리스 웹 서비스 저장공간 등의 용도로 사용하고 있습니다. S3의 장점이라 함은 싼 가격에 있는데요, 가격을 알아보겠습니다. 종류 GB당 요금 1TB 로 계산 시 S3 $0.025/GB $25/TB S3 .. 2019. 9. 29.
[근황] 30대 박사 학위 시작 글에 앞서 안녕하세요 한주현입니다. 여러분들 잘 지내셨나요? 벌써 시간이 흘러 2019년 3분기의 마지막 달인 9월이 왔습니다. 새해에 여러가지 많은 일들 하고 싶어 계획을 잔뜩 세워놨었는데 세워놨던 계획을 보니.. 부끄러움에 고개가 숙여집니다ㅜㅜ 그래도 아직 2019년의 마지막 분기들이 남아있으니 힘내서 열심히 달려봐야겠습니다. 입학 2019년 9월, 바라던 학과, 바라던 교수님 아래, 바라던 조건과 환경으로 석박사통합과정에 입학하였습니다. 구체적으로 말씀드리면 서울대학교 의과대학 의료정보학 협동과정에 입학하였습니다. 이 포스팅을 쓰기위한 큰 목적 중 하나가 학위를 시작할 수 있게 도와주신 분들에 대해 감사를 드리기 위함이 있습니다. 우선 늘 지식적 측면 뿐만 아니라 여러모로 토론을 즐겨 하는 배우자에.. 2019. 9. 5.
VCF GT, DP, AD와 genotype 0/0 , 0/1 , 1/1의 의미 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 VCF 파일의 GT, DP, AD와 Genotype에서 0/0, 0/1, 1/1 의 의미에 대해 알아보겠습니다. 목차 VCF 파일의 관찰 GT, AD, DP의 의미 Genotype 에서의 0/0, 0/1, 1/1 의 의미 그럼 genotype 언제 쓰나요? VCF 파일의 관찰과 GT, AD, DP의 의미 VCF 파일을 보시면 1 2 3 4 #CHROM POS ID REF ALT [중간 삭제] FORMAT Sample1 Sample2 chr21 18269600 rs12345 T TGCG [중간 삭제] GT:AD:DP 0/1:44,37:81 0/0:0,90:90 chr21 18269704 . A C [중간 삭제] GT:AD:DP 0/1:720,910:1630 1/1:2,401.. 2019. 7. 15.
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