반응형 2017/0414 [바이오파이썬] 02. 바이오파이썬으로 할 수 있는 일들 안녕하세요 한주현 입니다. 오늘은 바이오파이썬으로 할 수 있는 일들에 대해서 말씀드리겠습니다. 시작하며바이오파이썬은 생물학자들이 컴퓨터로 작업을 할 때 도움이 될 만한 파이썬 라이브러리 들의 모음입니다. 그래서 바이오파이썬을 하기 위해서는 파이썬을 기본적으로 다루실 수 있어야 합니다. 물론 파이썬 언어를 다루는 능력이 엄청난 실력자는 아닐지라도 대략 기본적인 파이썬의 문법이나 자료구조정도만 아셔도 앞으로 진행하게 될 강좌를 따라가실 때 무리는 없습니다. 바이오파이썬을 사용하시려면 우선 설치는 하셨겠지요? 설치를 하시지 않으셨다면 이전 강좌를 참고하시면 됩니다. [바이오파이썬] 01. 바이오파이썬 설치http://korbillgates.tistory.com/70 Sequence 작업 바이오파이썬으로 가장 .. 2017. 4. 9. [Sequence] 04. DNA 서열에서 base count 하기 안녕하세요 한주현입니다 생물정보학 코딩 연습과 파일 형식을 익히기 위한 포스팅 네 번째 시간입니다 오늘은 DNA서열을 분석하는 생물정보학 문제를 포스팅하겠습니다 염기서열 이란? 염기서열은 DNA의 기본단위인 뉴클레오티드(nucleotide)의 구성성분 중 하나인 염기(base)들을 나열한 것 입니다.DNA에서 염기가 3개 모이면 하나의 트리플렛 코드(triplet code)를 구성하며 하나의 아미노산(Amino acid)를 지시하게 됩니다.인간의 단백질을 구성하는 아미노산의 개수는 총 20개로 되어있습니다. 문항) 염기서열 개수 세기 염기서열은 총 4개의 염기인 A(아데닌), C(시토신), G(구아닌) 그리고 T(티민) 으로 이루어져있습니다. 아래의 DNA서열에서 A, C, G, T 의 개수를 세어보도록.. 2017. 4. 7. [바이오파이썬] 01. 바이오파이썬 설치 안녕하세요 한주현입니다 오늘은 바이오파이썬 설치에 대하여 알아보겠습니다 실습환경 1. 윈도우2. 리눅스 1. 윈도우에서 바이오파이썬 설치하기1-1. 바이오파이썬 다운로드 받기 아래 경로에 가셔서 사용하시는 파이썬 버전에 맞게 파일을 받습니다http://biopython.org/wiki/Download 이번 윈도우용 바이오파이썬 설치 실습으로저는 2.7 버전의 msi 를 받았습니다. 1-2. 바이오파이썬 설치하기 설치 과정상 딱히 어려운점은 없으나,저와 같이 파이썬 버전을 3과 같이 여럿 쓰시는 분들은파이썬 경로를 아래 사진과 같이 지정해주셔야 합니다. 다음을 눌러줍니다 잘되는군요 ㅎㅎ 설치가 완료 되었습니다! 1-3 바이오파이썬 실행 이제 잘 되는지 파이썬을 실행시켜 확인해볼까요? 아래와 같이 impor.. 2017. 4. 7. [공지] Biopython (바이오파이썬) 으로 만나는 생물정보학 안녕하세요 한주현입니다 오늘부터 Biopython (바이오파이썬) 에 대하여 posting을 시작하겠습니다. 새로운 로고 넘 예쁘네요 ㅋㅋ Biopython은 오픈소스 프로젝트로 비상업적 python library 입니다.1999년에 시작된 프로젝트로 2000년 7월에 첫 출시 되었고 현재 글을 쓰는 시점인 2017년 4월의 가장 최근 버전은 1.68버전 (2016년 8월)입니다. 제가 연재 하는 동안 업데이트가 좀 되어서 ㅎㅎ... 2017년 4월 4일 발표된 가장 최신 버전은 1.71 입니다 ! ㅎㅎ 앞으로의 포스팅은 Biopython의 설치부터 sequencing file의 parsing, Alignment, BLAST, 그리고 NCBI Entrez와 같은 database의 접근 등에 대하여 포스팅.. 2017. 4. 7. 이전 1 2 3 4 다음 반응형
