반응형 바이오파이썬15 [바이오파이썬] 바이오파이썬 1.78에서 달라진 점 - Seq 클래스 편 - Bio.Alphabet has been removed from Biopython 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 바이오파이썬 1.78에서 달라진 Seq 클래스에 대해 알아보겠습니다. 들어가며 2020년 9월에 바이오파이썬의 1.78 버전 업데이트로, Seq 클래스의 사용법이 조금 바뀌었습니다. 오늘은 1.78 버전에서 Seq 클래스의 달라진점과 도서에서 작동하지 않는 부분을 어떻게 하면 실행할 수 있는지 방법에 대해 알아보겠습니다. 버전업! 앞서 말씀드렸듯이 2020년 9월 바이오파이썬이 1.78로 업데이트 되었습니다. 덕분에 ㅎㅎ.. 도서에서 사용했던 코드가 작동하지 않는 부분이 있습니다. ㅜㅜ 다음은 도서 70페이지의 4.5.2 Bio.SeqUtils로 서열의 무게를 계산하는 코드인데요, ATGCAGTAG를 DNA 로 볼 경우와 아미노산 서열로 보는 경우에 따라 다르게 무게가 계.. 2020. 10. 3. [바이오파이썬] 바이오파이썬 설치와 jupyter notebook에서 실행하는 방법 안녕하세요 한주현 입니다. 오늘은 "바이오파이썬 설치와 jupyter notebook에서 사용 방법" 의 주제로 포스팅해보겠습니다. 바이오파이썬과 같은 파이썬 라이브러리를 설치하는 방법이 어렵지는 않습니다만 초심자에게는 자세히 설명해주는 내용을 찾아보기 힘들기에 글 보다는 따라하기 쉬운 동영상으로 제작하였습니다. 제가 처음 파이썬 프로그래밍을 할 때를 생각하며 제작해보았습니다. 저 또한 처음에는 어려움들을 겪으며 여러 방면으로 구르며 시행착오를 많이 겪었었습니다. 이러한 마음으로 앞으로 시리즈 영상을 계속 제작해보려 합니다. 구독과 좋아요 로 많은 응원 부탁드리겠습니다 :) 프로그래밍 또는 생물정보학을 시작하시는 여러분들께 도움이 되셨음 좋겠습니다. 오늘은 생물정보학에 처음 입문하시거나 파이썬이 익숙치 .. 2020. 6. 7. [생물정보학 파이썬] 코로나 바이러스-19 (COVID-19) 서열 분석, WebLogo, Multiple Sequence Alignment, 계통수 (phylogenetic tree) 그리기 시작하며 안녕하세요 한주현입니다 2020년 연초 COVID-19, 코로나바이러스감염증-19 (이하 코로나 바이러스)로 전세계적으로 많은 확진자들이 나왔고 아직까지도 기세가 멈추지 않는듯 보입니다. 하지만 발달한 과학 기술로 각국의 의료진 및 과학자들은 빠르게 바이러스의 실체를 밝혀내었고 금세 바이러스의 전체 서열이 웹에 공개 되었습니다. 이번 포스팅에서 생물정보학자인 제가 쓸 내용은, 각국에서 시퀀싱한 코로나 바이러스 서열들을 다운받고 WebLogo를 그려서 어떠한 부분이 보존된 서열(conserved sequence)인지, 계통수(phylogenetic tree)를 그려 각 서열간의 유사도를 살펴보는 시간을 가져보겠습니다. 다음 그림을 만들어 보는게 이번 포스팅의 목표입니다. 분석의 진행은 사용하기 편.. 2020. 3. 1. [github] github 파일 다운로드 방법 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 github에 있는 파일을 다운 받는 방법에 대해 알아보겠습니다. 들어가며 제가 출판한 "바이오파이썬으로 만나는 생물정보학" 도서 뿐만 아니라 요새 출판되는 여러 도서 및 소스코드 공유는 github로 많이 제공되고 있습니다. 간간히 저에게 자료를 어떻게 받는지 방법에 대해 문의하시는 분들이 계셔서 오늘은 github에서 자료를 받는 세 가지 방법에 대해 알아보겠습니다. 1. 그냥 사이트에 들어가서 하나씩 받기 다음 주소에 있는 파일인 blastSample.fasta 파일을 하나 받아보겠습니다. https://github.com/KennethJHan/Bioinformatics_Biopython/blob/master/Section1/Chap1/blastSample.fasta.. 2019. 5. 27. 이전 1 2 3 4 다음 반응형
