반응형 분류 전체245 [VCF] 01. VCF 파일에서 PASS filter 하기 안녕하세요 한주현입니다 생물정보학 코딩 연습과 파일 형식을 익히기 위한 포스팅 첫 번째 시간입니다 오늘은 VCF를 활용한 생물정보학 문제를 포스팅하겠습니다 문항) VCF파일에서 PASS filter하기VCF (Variant Calling Format) 파일은 텍스트 형식의 파일로 meta-information lines, Header, data lines 로 구성되어있습니다 이번 문항에서는 VCF 의 Data Line에서 7번째 컬럼인 FILTER 컬럼에서 PASS로만 찍혀있는 line의 개수를 세어 출력하겠습니다.문항에 해당하는 VCF는 아래의 VCF를 사용하세요. https://raw.githubusercontent.com/KennethJHan/Bioinformatics_smalltalk_Python.. 2017. 4. 3. [공지] 생물정보학 연습문제 카테고리를 시작하며 안녕하세요 한주현 입니다 제가 현재 근무하고 있는 마크로젠에서는 신규 Bioinformatics(생물정보학) 분석부 입사자에 대하여 코딩테스트를 진행하고 있습니다. 2015년 11월 20일 처음 마크로젠에서 코딩테스트 면접을 맡게 된 이래로 현재까지 마크로젠에서 코딩테스트를 진행하고 있습니다. Bioinformatics 의 융복합적인 직업 특성 상 여러 전공자들의 지원이 있습니다만, 대부분 생명과학과 또는 컴퓨터공학 전공자들이 우리 회사의 문을 두드리고 있습니다. 생명과학과 전공자들이 기존 wet-lab에서 시야를 넓혀 컴퓨터 분석을 하는 dry-lab으로 관심을 가지고 학습하는 것은 매우 고무적인 일이라 생각합니다. 생물정보학의 열기를 느낄 수 있었던 일례로, 저는 판교의 바이오협회에서 진행하고 있는 .. 2017. 4. 3. 알록달록한 리눅스 PS1 프롬프트 설정 - Colorful Linux PS1 Setting 안녕하세요 한주현입니다 저는 개인적으로 검은 화면에 칙칙한 회색 글씨만 나오는 터미널이 지루합니다 ㅎㅎ; 그래서 저는 프롬프트 PS1 설정을 바꾸었는데요 아래와 같습니다 색이 알록달록해서 코딩할 맛이 나겠네요 ㅎㅎ 그래서 오늘은 알록달록한 PS1 설정 방법을 말씀드리겠습니다 $ vim ~/.bashrc 로 들어가셔서 아래의 내용을 추가해줍니다 ### PS1 Configuration ### BLACK=$(tput setaf 0) RED=$(tput setaf 1) GREEN=$(tput setaf 2) LIME_YELLOW=$(tput setaf 190) YELLOW=$(tput setaf 3) POWDER_BLUE=$(tput setaf 153) BLUE=$(tput setaf 4) MAGENTA=$(t.. 2017. 3. 31. SnpEff 사용방법1 - 다운로드 및 설치, vcf annotation 안녕하세요 한주현 입니다 오늘은 snpEff 를 간략히 소개해 드리고,다운로드 및 설치, vcf annotation 까지 진행해보고자 합니다 목차 1. SnpEff 소개 1.1 시스템 사양 1.2 라이센스 2. SnpEff 다운로드3. SnpEff 설치4. SnpEff 를 사용한 vcf annotation 4.1 데이터베이스 받기 4.2 커맨드라인5. 마치며 1. SnpEff 소개 SnpEff 는 annotation tool로 variant를 annotation 하고 아미노산 change 와 같은 genetic effect를 예측하여 정보를 붙여주는 tool 입니다.사용방법도 간단하여 SnpEff에 VCF를 인자로 넣어주면, SnpEff 에서 계산하여 annotation을 진행해줍니다.SnpEff 에서 .. 2017. 3. 31. 이전 1 ··· 46 47 48 49 50 51 52 ··· 62 다음 반응형
