반응형 생물정보학/Tools43 [samtools] BAM 파일에서 특정 chromosome 영역 추출하기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 samtools로 BAM파일에서 원하는 chromosome 또는 영역을 추출하는 방법 에 대하여 알아보겠습니다. samtools samtools 로 BAM파일에서 원하는 chromosome 또는 영역을 추출하는 방법 - 준비물 준비물1) samtoolssamtools 설치가 되어 있지 않다면 다음 링크들을 참고해 주세요 - samtools 공식 다운로드 페이지http://www.htslib.org/download/ - samtools 설치 방법http://korbillgates.tistory.com/57 2) 실습 bam 파일http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeUwRepliSeq/wgEncod.. 2017. 11. 22. [SnpEff] SnpEff 사용방법2 VCF annotation, SnpEff ANN field, Sequence Ontology term 설명 안녕하세요 한주현 입니다. 오늘은 SnpEff 로 VCF annotation하는 간단한 명령어와 annotation된 VCF의 컬럼에서 ANN field 중 annotation, Annotation_Impact 컬럼에 대해 알아보겠습니다. SnpEff 설치 방법에 대해 찾으신다면 다음 링크를 참고해주세요http://korbillgates.tistory.com/61 SnpEff 사용방법1 - 다운로드 및 설치, vcf annotation 위의 링크에서도 알아봤듯이 VCF annotation 하는 명령어를 간단히 리뷰해보도록 하겠습니다. SnpEff로 VCF annotation 하는 방법 java -jar snpEff.jar hg19 in.vcf > out.vcf java 1.7이상 에서 작동하며 라인이 많.. 2017. 10. 31. [Samtools] BAM 파일에서 Duplicated Read 찾기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 bam 파일로 부터 duplicate read만 가져오는 방법에 대해 알아보겠습니다 필요한 툴, 파일 samtools실습할 bam 파일 samtools 설치는 다음 링크를 참고해주세요.설치 방법은 버전이 달라도 대개 비슷비슷합니다 ㅎㅎ; http://korbillgates.tistory.com/57 NGS 분석에서는 기술특성상 필연적으로 PCR duplicate(또는 optical duplicate) 가 생길 수 밖에 없습니다.이 부분에 대해서는 다음 포스팅에서 만나도록 하겠습니다 ㅎㅎㅎ duplicate의 존재는 samtools로 stat을 확인해보면 나오는데요,각자 가지고 계신 bam파일을 가지고 아래와 같은 command를 실행해봅시다. Command $ samtoo.. 2017. 10. 30. [GATK] GATK 오류 - "Problem detecting index type" 해결법 안녕하세요 한주현 입니다 오늘은 GATK 오류메시지인 "Problem detecting index type" 해결법에 대해 알아보겠습니다 현상 $ java -Xmx40g -Djava.io.tmpdir=/tmp -jar GenomeAnalysisTK.jar -T GenotypeGVCFs -R ucsc.hg19.fasta --variant multicall.gvcf.list --out rawVariants.vcf INFO 10:52:58,657 HelpFormatter - ----------------------------------------------------------------------------------------- INFO 10:52:58,659 HelpFormatter - The Genom.. 2017. 10. 16. 이전 1 ··· 5 6 7 8 9 10 11 다음 반응형
