반응형 생물정보학/Tools43 [bedtools] bedtools 설치 방법 - How to install bedtools 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 bedtools 설치방법에 대해서 말씀드리겠습니다. bedtools는 UNIX(LINUX)나 OSX machine 에서 사용가능합니다. source code 설치 방법$ wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.25.0/bedtools-2.25.0.tar.gz $ tar -zxvf bedtools-2.25.0.tar.gz $ cd bedtools2 $ make 기본적으로는 /usr/local/bin 에 설치가 됩니다. 소스코드 설치가 어려우신 분 들은 아래를 참고하시면 됩니다. Centos$ yum install BEDTools Ubuntu$ apt-get install bedtools 참고 URLhttp.. 2017. 4. 4. SnpEff 사용방법1 - 다운로드 및 설치, vcf annotation 안녕하세요 한주현 입니다 오늘은 snpEff 를 간략히 소개해 드리고,다운로드 및 설치, vcf annotation 까지 진행해보고자 합니다 목차 1. SnpEff 소개 1.1 시스템 사양 1.2 라이센스 2. SnpEff 다운로드3. SnpEff 설치4. SnpEff 를 사용한 vcf annotation 4.1 데이터베이스 받기 4.2 커맨드라인5. 마치며 1. SnpEff 소개 SnpEff 는 annotation tool로 variant를 annotation 하고 아미노산 change 와 같은 genetic effect를 예측하여 정보를 붙여주는 tool 입니다.사용방법도 간단하여 SnpEff에 VCF를 인자로 넣어주면, SnpEff 에서 계산하여 annotation을 진행해줍니다.SnpEff 에서 .. 2017. 3. 31. wANNOVAR - 웹기반 Annotation Tool 안녕하세요 한주현 입니다 한 가지 질문으로 이번 포스트를 시작해 보겠습니다 웹상에서 Chromosome, Position, Ref, Alt 의 정보로 그 지역에 해당하는 gene을 가지고 올 수 있을까요?네 가능합니다 :) 오늘은 웹기반 annotation tool 에 대하여 소개 해드리고자 합니다 URL http://wannovar.wglab.org 1) 먼저 wANNOVAR 에 접속한 화면입니다 2) 스크롤을 내리다 보면 Basic Information 부분이 나오게 되는데요,이곳 입력창에 정보를 채우시면 됩니다 - Email : annotation 이 끝났을 때 결과 알림이 전달 되는 email 주소- Sample Identifier : 샘플을 구별 할 수있는 id- Input File : VCF,.. 2017. 3. 24. samtools 1.4 발표 - 설치 방법 안녕하세요 한주현입니다 12시간 전 samtools 1.4 버전이 나왔습니다 ㅎㅎㅎ 따끈따끈 하군요 ㅎㅎ https://twitter.com/htslib/status/841334767798874113 과연 무엇이 좋아졌을까요?? https://github.com/samtools/samtools/releases/tag/1.4 jenniferliddle released this 14 hours ago Release 1.4 (13 March 2017)Noteworthy changes in samtools: * Fixed Issue #345 - out-by-one error in insert-size in samtools stats * bam_split now add a @PG header to the bam .. 2017. 3. 14. 이전 1 ··· 7 8 9 10 11 다음 반응형
