반응형 생물정보학31 [minimap2] minimap2 설치 및 수행 방법 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 Heng Li 의 새로운 mapping tool 인 minimap2 의 설치 및 수행 방법에 대해 작성해 보겠습니다. 목차 1. minimap2 다운로드2. minimap2 설치3. minimap2 수행 1. minimap2 다운로드 1) 사이트에 접속합니다https://github.com/lh3/minimap2 2) 자료 다운로드 저는 git clone 으로 자료를 다운받았습니다. 사이트에서 빨간색으로 네모 친 부분을 눌러 git 주소를 복사 합니다. 터미널에서 git clone 명령어로 다운 받습니다. 1$ git clone https://github.com/lh3/minimap2.git 2. minimap2 설치 1) 다운 받은 minimap2 디렉터리에 들어갑니다... 2018. 11. 18. [Tool] gnomAD 란? gnomAD vcf 다운로드 방법 및 압축 푸는 방법- gnomAD 활용 방법 - gnomad vcf bgz: unknown suffix -- ignored 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 gnomAD vcf 다운로드 방법과 압축 푸는 방법에 대해 알아보겠습니다. 목차 0. gnomAD 란?1. gnomAD vcf 다운로드 방법2. gnomAD vcf 압축 푸는 방법3. gnomAD 특징 및 활용 0. gnomAD 란? gnomAD (The Genome Aggregation Database) 는 다량의 exome 과 whole genome 시퀀싱 프로젝트를 통해 데이터를 모은 것으로 데이터셋에는 125,748개의 exome과 15,708개의 whole genome 데이터가 있습니다. gnomAD 이전에 exome 데이터로만 데이터베이스를 낸 적이 있는데 ExAC(Exome Aggregation Consortium) 로 알려져있습니다. 다음 그래프를 보시면 얼.. 2018. 11. 17. [생물정보학] Fasta Reader GUI, 윈도우에서 FASTA 파일 읽어서 염기서열 세는 프로그램, JAVA GUI 예제, JAVA Swing 예제 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 FASTA 파일을 윈도우, 맥 GUI 환경에서 읽어 염기서열 세어주는 프로그램을 제작해 보았습니다. 목차 1. 프로그램 소개2. 프로그램 사용방법부록. UCSC FASTA 파일 다운로드 1. 프로그램 소개 "Fasta Reader GUI" 는 윈도우나 맥, 리눅스의 GUI (Graphic User Interface) 환경에서 FASTA 파일을 읽어 전체 염기서열 개수, A, C, G, T 그리고 N 염기의 개수를 세는 프로그램입니다. 프로그램은 JAVA로 제작하였으며 사용하시는 환경에 JAVA 8 버전이 필요합니다. 참고로 FASTA 파일은 유전서열을 담고 있는 파일로 ">" 기호가 있는 헤더 부분과 서열부분으로 나뉩니다. FASTA 파일 형식> 헤더 ACACACGGCCN.. 2018. 11. 15. [생물정보학 알고리즘] 1 부터 n 까지 합 구하기 - 파이썬 알고리즘 공부, 자바 알고리즘 학습 안녕하세요 한주현 입니다. 오늘 부터 생물정보학 알고리즘에 대해서 포스팅 해보고자 합니다. 포스팅 계획은간단한 알고리즘에서 부터 재귀, 탐색, 정렬, 그래프 그리고 생물정보학 알고리즘 까지 정리하는 것을 목표로 하고 있습니다. 목차 (계속하여 업데이트될 예정) 1. 1 부터 n 까지 합 구하기 - korbillgates.tistory.com/1902. 배열에서 최대값, 최소값 찾기 - korbillgates.tistory.com/204 오늘 알아볼 알고리즘은 “1 부터 n 까지 합 구하기” 입니다. 알고리즘 생각 1 부터 n 까지의 합은 단순하게 생각하여 합을 모으는 변수를 두고1, 2, 3, ..., n 을 더해 봅시다. 파이썬 스크립트 1234567def oneToN(num): sum_val = 0 .. 2018. 11. 13. 이전 1 2 3 4 5 6 7 8 다음 반응형
