반응형 생물정보학31 [강의자료] 생물정보학 강의, FASTQ, BAM, VCF, samtools 설치 안녕하세요 한주현입니다. 감사하게도 기회가 되어 2019년부터 서울여대 학생들께 생물정보학을 가르치러 강의를 나가고 있습니다. 강의를 열어주신 김명겸 교수님께 이 자리를 빌어 감사의 말씀드립니다. 강의 주제는 생물정보학 전반에 대한 내용으로 다음과 같은 주제를 다루었습니다. 리눅스 다루기 시퀀싱과 염기서열 분석 리눅스에서 생물정보학 툴 설치 간단한 파이프라인 만들기 (BWA-GATK) github 사용하기 클라우드 컴퓨팅 환경 사용하기 (AWS (Amazon Web Service) 또는 GCP (google cloud platform)) 바이오파이썬 실무에서 있던 에피소드들 등등.. 1년간 여러 주제와 실무 환경을 학부생들의 눈높이에 맞게 강의 했었네요 이번 2020년도 1학기의 경우 코로나19로 인해 .. 2020. 5. 21. [뱀뱀툰] 생명과학 전공자가 생물정보학 프로그래밍 개발자가 되어 조언하는 만화 안녕하세요 한주현 입니다. 오늘은 "생명과학 전공자가 생물정보학 프로그래밍 개발자가 되어 조언하는 만화" 의 주제로 뱀뱀툰을 그려봤습니다. 재밌게 봐주세요 ㅋㅋ 추가로 두 가지를 얘기해보겠습니다. 1) 처음 시작에 기본지식이 없다. 가장 처음 무언가를 시작할때는 기본적인 지식이 없기에 도대체 어떻게 접근해야하는지 부터가 큰 산으로 다가옵니다. 그런데 프로그래밍의 경우는 좋은 material들이 주변에 많습니다. 서점에는 프로그래밍 기본서들이 많이 있고, 인터넷 서점에 랭킹순으로 정렬해보면 대략 어떤 책이 좋은지도 살펴볼 수 있습니다. 그리고 유튜브에서도 프로그래밍에 대해 매우 기초적인 강의들이 많습니다. 때로는 자료가 너무 많아 어떤걸 봐야하는지 고민하는 것도 문제가 됩니다. 주변에 잘하는 사람들에게 조.. 2020. 5. 9. [생물정보학] vcf 파일 chromosome, position 별로 정렬 sorting 하기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 vcf 파일을 chromosome 별로 position 별로 정렬 sorting 하는 방법에 대해 알아보겠습니다. 들어가며 가끔 vcf 파일이 다음과 같이 sorting 되어있지 않는 경우가 있는데요, 이렇게 정렬이 되어있지 않으면 어떤 툴들에서는 정렬이 안되었다고 오류가 띡! 뜹니다 ... 정렬이 안된 vcf 파일을 다음과 같이 정렬하고 싶은거죠. 참고로 vcf 파일은 임의로 생성하였고 편의상 chromosome, position, ref, alt 만 값을 넣었고 나머지는 점(.) 으로 채웠습니다. VCF 정렬하기 vcf를 정렬하는 방법에는 여러가지가 있습니다만, 프로그램 쓰지 않고 간단히 정렬하는 방법을 찾으시는 분들께, 다음의 리눅스 기본 명령어로 간단히 vcf 파일.. 2020. 3. 8. [생물정보학 파이썬] 코로나 바이러스-19 (COVID-19) 서열 분석, WebLogo, Multiple Sequence Alignment, 계통수 (phylogenetic tree) 그리기 시작하며 안녕하세요 한주현입니다 2020년 연초 COVID-19, 코로나바이러스감염증-19 (이하 코로나 바이러스)로 전세계적으로 많은 확진자들이 나왔고 아직까지도 기세가 멈추지 않는듯 보입니다. 하지만 발달한 과학 기술로 각국의 의료진 및 과학자들은 빠르게 바이러스의 실체를 밝혀내었고 금세 바이러스의 전체 서열이 웹에 공개 되었습니다. 이번 포스팅에서 생물정보학자인 제가 쓸 내용은, 각국에서 시퀀싱한 코로나 바이러스 서열들을 다운받고 WebLogo를 그려서 어떠한 부분이 보존된 서열(conserved sequence)인지, 계통수(phylogenetic tree)를 그려 각 서열간의 유사도를 살펴보는 시간을 가져보겠습니다. 다음 그림을 만들어 보는게 이번 포스팅의 목표입니다. 분석의 진행은 사용하기 편.. 2020. 3. 1. 이전 1 2 3 4 5 6 ··· 8 다음 반응형
