반응형 fastq6 [강의자료] 생물정보학 강의, FASTQ, BAM, VCF, samtools 설치 안녕하세요 한주현입니다. 감사하게도 기회가 되어 2019년부터 서울여대 학생들께 생물정보학을 가르치러 강의를 나가고 있습니다. 강의를 열어주신 김명겸 교수님께 이 자리를 빌어 감사의 말씀드립니다. 강의 주제는 생물정보학 전반에 대한 내용으로 다음과 같은 주제를 다루었습니다. 리눅스 다루기 시퀀싱과 염기서열 분석 리눅스에서 생물정보학 툴 설치 간단한 파이프라인 만들기 (BWA-GATK) github 사용하기 클라우드 컴퓨팅 환경 사용하기 (AWS (Amazon Web Service) 또는 GCP (google cloud platform)) 바이오파이썬 실무에서 있던 에피소드들 등등.. 1년간 여러 주제와 실무 환경을 학부생들의 눈높이에 맞게 강의 했었네요 이번 2020년도 1학기의 경우 코로나19로 인해 .. 2020. 5. 21. [FastqGizmo] Fastq 파일의 스탯 stat 및 N Base read count, Fastq Report 리포트 ` 안녕하세요 한주현 입니다! 오늘은 제가 만든 툴인 FastqGizmo를 소개합니다... ㅎㅎ FastqGizmo는 Fastq 파일에서 염기에 대한 스탯 (개수, 퀄리티) 및 N Base의 개수별로 리드의 개수를 세는 프로그램입니다. FastqGizmo 주요 기능 소개 1. Fastq 파일의 염기 개수 및 퀄리티 스탯2. Fastq의 리드당 N Base 개수를 세어 N Base의 개수별로 리드를 표시3. 위의 두 결과를 HTML 파일로 리포트 FastqGizmo 사용 방법 FASTQGIZMO 는 기본적으로 터미널 환경에서 돌아갑니다.Java 1.8 에서 돌아갑니다. 1$ java -jar FastqGizmo.jar FastqGizmo 리포트 FastqGizmo.jar 의 StatReport 를 실행하면.. 2018. 11. 10. [fastqe] fastqe , fastq 파일의 quality를 이모티콘으로! , fastq 파일이란? 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 fastqe 라고 재미난 라이브러리를 하나 소개해 보겠습니다. ㅎㅎ fastqe 개발자님 페이지 https://fastqe.com/https://github.com/lonsbio/fastqe fastq에 emoji (에모지, 이모티콘) 정보를 더한 fastqe에 대해 적어보겠습니다 fastq의 quality를 아래와 같이 emoticon 으로 나타낸 것 이지요. fastqe를 알아보기 전에 간단하게 fastq가 어떤 포맷의 파일인지 알아볼까요? fastq? fastq는 시퀀서에서 읽은 염기서열의 정보를 4줄에 걸친 텍스트 정보로 나타낸 것 입니다. fastq 각 줄의 정보 첫 번째 줄: @ 로 시작하여 sequence identifier를 나타냅니다.두 번째 줄: raw .. 2018. 7. 29. [java] 자바 생물정보학 - fastq, fastq.gz 읽기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 java로 fastq.gz 을 읽는 방법에 대해 알아보겠습니다. JAVA로 fastq.gz 읽기 JAVA로 fastq.gz 읽기 아래는 fastq.gz 파일을 읽는 소스코드입니다. 그냥 읽기만 하면 재미가 없으니 ㅎㅎ.. 조건을 몇 개 설정해봅시다. - 조건 1) fastq.gz 은 paired 되어있다. 2) 각 read의 naming은 sample_1.fastq.gz, sample_2.fastq.gz 으로 한다. 3) 각 read 별 fastq에서 평균 read length를 계산한다. 여러분들도 한 번 코드작성을 해보시기를 추천드립니다 ㅎㅎ; 여러모로 배울점들이 생기게 됩니다 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 .. 2018. 1. 3. 이전 1 2 다음 반응형
