[FastqGizmo] Fastq 파일의 스탯 stat 및 N Base read count, Fastq Report 리포트

 

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안녕하세요 한주현 입니다!

오늘은 제가 만든 툴인 FastqGizmo를 소개합니다... ㅎㅎ

FastqGizmo는 Fastq 파일에서 염기에 대한 스탯 (개수, 퀄리티) 및 N Base의 개수별로 리드의 개수를 세는 프로그램입니다.

FastqGizmo 주요 기능 소개

1. Fastq 파일의 염기 개수 및 퀄리티 스탯

2. Fastq의 리드당 N Base 개수를 세어 N Base의 개수별로 리드를 표시

3. 위의 두 결과를 HTML 파일로 리포트

FastqGizmo 사용 방법

FASTQGIZMO 는 기본적으로 터미널 환경에서 돌아갑니다.

Java 1.8 에서 돌아갑니다.

$ java -jar FastqGizmo.jar <툴 이름> <리드_1.fastq.gz> <리드_2.fastq.gz>

FastqGizmo 리포트

FastqGizmo.jar 의 StatReport 를 실행하면,

다음과 같이 기본 스탯과 NBase에 대한 스탯을 정리한 리포트가 나옵니다.

다운로드

다음 깃헙 페이지에서 사용방법을 읽으실 수 있으며,

프로그램 다운로드와 소스코드를 보실 수 있습니다 :)

https://github.com/KennethJHan/FastqGizmo

오늘은 FASTQ 파일의 기본 스탯과 NBase의 개수별로 리드 개수를 세는 프로그램인 FASTQGIZMO에 대해 알아보았습니다.

그럼 다음에 만나요~

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한주현 드림