반응형 생물정보학32 [생물정보학 파이썬] 코로나 바이러스-19 (COVID-19) 서열 분석, WebLogo, Multiple Sequence Alignment, 계통수 (phylogenetic tree) 그리기 시작하며 안녕하세요 한주현입니다 2020년 연초 COVID-19, 코로나바이러스감염증-19 (이하 코로나 바이러스)로 전세계적으로 많은 확진자들이 나왔고 아직까지도 기세가 멈추지 않는듯 보입니다. 하지만 발달한 과학 기술로 각국의 의료진 및 과학자들은 빠르게 바이러스의 실체를 밝혀내었고 금세 바이러스의 전체 서열이 웹에 공개 되었습니다. 이번 포스팅에서 생물정보학자인 제가 쓸 내용은, 각국에서 시퀀싱한 코로나 바이러스 서열들을 다운받고 WebLogo를 그려서 어떠한 부분이 보존된 서열(conserved sequence)인지, 계통수(phylogenetic tree)를 그려 각 서열간의 유사도를 살펴보는 시간을 가져보겠습니다. 다음 그림을 만들어 보는게 이번 포스팅의 목표입니다. 분석의 진행은 사용하기 편.. 2020. 3. 1. [github] github 파일 다운로드 방법 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 github에 있는 파일을 다운 받는 방법에 대해 알아보겠습니다. 들어가며 제가 출판한 "바이오파이썬으로 만나는 생물정보학" 도서 뿐만 아니라 요새 출판되는 여러 도서 및 소스코드 공유는 github로 많이 제공되고 있습니다. 간간히 저에게 자료를 어떻게 받는지 방법에 대해 문의하시는 분들이 계셔서 오늘은 github에서 자료를 받는 세 가지 방법에 대해 알아보겠습니다. 1. 그냥 사이트에 들어가서 하나씩 받기 다음 주소에 있는 파일인 blastSample.fasta 파일을 하나 받아보겠습니다. https://github.com/KennethJHan/Bioinformatics_Biopython/blob/master/Section1/Chap1/blastSample.fasta.. 2019. 5. 27. [근황] 2019년 5월 한주현의 근황 안녕하세요 한주현입니다. 여러분 잘 지내셨는지요? 오래간만에 근황보고를 드립니다. 올해는 시작부터 개인적으로 많은 일들이 있었습니다. 2019년 2월 서울 송파구로 이사함 결혼함 2019년 3월 "바이오파이썬으로 만나는 생물정보학" BJ퍼블릭 출판사 - 도서 출간 정들었던 마크로젠을 떠남 ㅜㅜ.. 2019년 4월 금창원 대표님이 계신 3billion 에 Bioinformatics Engineer 포지션으로 join 2019년 9월 (예정) 서울대학교 의료정보학 협동과정 시작 근황 QnA Q. 정들었던 마크로젠 데이터분석부에서 3billion의 Bioinformatics Engineer로 join하게 된 가장 큰 계기가 무엇인가요? A. 개인적으로 조금 더 많은 성장 기회를 보고 싶었기 때문이었습니다. 간.. 2019. 5. 17. [생물정보학 알고리즘] 배열에서 최대값, 최소값 찾기 - 파이썬 알고리즘 공부, 자바 알고리즘 학습 안녕하세요 한주현 입니다. 목차 (계속하여 업데이트될 예정) 1. 1 부터 n 까지 합 구하기 - korbillgates.tistory.com/1902. 배열에서 최대값, 최소값 찾기 - korbillgates.tistory.com/204 오늘 알아볼 알고리즘은 배열에서 최대값, 최소값 찾기 입니다. 알고리즘 생각 1. 최대값, 최소값을 담을 수 있는 변수에 배열의 가장 첫 번째 항목을 넣음. 2-1. 최대값의 경우 for 문으로 항목을 돌아가며 최대값 변수에 담긴 수 보다 항목이 크면 최대값 변수에 새로운 항목을 집어 넣음 2-2 최소값의 경우for 문으로 항목을 돌아가며최소값 변수에 담긴 경우 보다 항목이 작으면 최소값 변수에 새로운 항목을 집어 넣음 파이썬 스크립트 123456789101112131.. 2018. 12. 29. 이전 1 2 3 4 5 6 7 8 다음 반응형
