반응형 생물정보학32 [VCF 파일] genozip - VCF 파일의 효율적인 압축 방법을 제시한 툴 여러분 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 genozip 이라는 툴에 대해 알아보겠습니다. 들어가며 이 논문은 제가 좋아하는 논문 저널 중 하나인 Bioinformatics 에서 최근에 출판한 논문입니다. Bioinformatics 저널에서 새로운 분석 방법과 결과 등을 살펴보는 식으로 읽어오곤 했었는데요, 이번에 소개드릴 논문은 생물정보학에서 VCF, bam, fastq, fasta, 그리고 23andMe 파일을 더 효율적으로 압축해주는 툴에 대한 논문입니다. https://academic.oup.com/bioinformatics/article/36/13/4091/5837110 genozip: a fast and efficient compression tool for VCF files AbstractMot.. 2020. 7. 12. [생물정보학] ORF와 CDS의 차이점과 refGene.txt.gz 파일 안녕하세요 한주현입니다 오늘은 ORF (Open Reading Frame)와 CDS (Coding Sequence) 의 차이점과 refGene.txt.gz 파일에 대해서 알아보겠습니다. ORF ORF (Open Reading Frame)는 시작 코돈 (AUG)에서부터 종결 코돈 (UAA, UAG, UGA) 까지의 서열을 말합니다. ATG [xxx] TAG 와 같이 시작과 종결 사이에 triplet code, 즉 3배수의 염기들로 구성 되어만 있다면 ORF 라고 부를 수 있습니다. 실제로 DNA 서열에서 ATG (3n) TAG 로 구성된 ORF 서열을 찾아보면 많이 존재합니다. 이러한 ORF를 찾아주는 프로그램들도 존재하지요. 1) ORF Finder https://www.bioinformatics.org.. 2020. 7. 5. [생물정보학 유튜브 강의] 코로나 바이러스 covid 19 서열로 웹로고 그려보기 안녕하세요 한주현 입니다. 이번주 생물정보학 유튜브 강의는 코로나 바이러스 covid-19 서열로 웹로고 그려보기 입니다. 과정은 간단합니다 ^^;; 1) NCBI에서 서열을 받고, 전처리를 진행하고 2) MSA (Multiple Sequence Alignment)를 진행하고 3) Weblogo를 그립니다. 이전에 포스팅으로도 남긴적이 있었는데, 이번에는 동영상으로 과정들을 구체적으로 알려드리려고 합니다. https://korbillgates.tistory.com/225 [생물정보학 파이썬] 코로나 바이러스-19 (COVID-19) 서열 분석, WebLogo, Multiple Sequence Alignment, 계통수 시작하며 안녕하세요 한주현입니다 2020년 연초 COVID-19, 코로나바이러스감염증-.. 2020. 6. 21. [교육] 바이오협회 유전체 데이터 분석 예비전문가 교육 8기 모집 - 생물정보학 강의 여러분 안녕하세요 한주현 입니다. 오늘은 "바이오협회 유전체 분석 예비전문가 과정 8기 교육 교육생 모집" 의 주제로 포스팅해보겠습니다. 매년 방학 때 마다 생물정보학 유전체 교육을 체계적으로 진행해주는 바이오협회의 2020년 바이오협회 유전체 분석 예비전문가 과정 8기 교육이 열렸습니다. COVID19로 인해 2020년에 과연 열릴 수 있을까 걱정이 많았는데 다행하게도 교육을 열 수 있게 되었습니다. 교육에 대한 자세한 내용은 아래 공고문과 같고요 6/25(목) 까지 서류를 제출하고 면접 후 교육생 선발을 진행합니다. 실무진들이 참여하여 커리큘럼에 맞게 교육을 진행하고 이후 유전체 기업 방문, 취업 연계까지 진행해주는 좋은 교육입니다. 이렇게 광고하는 이유는 ㅋㅋ.. 저도 여기 2기 출신 교육생으로 교.. 2020. 6. 15. 이전 1 2 3 4 5 ··· 8 다음 반응형
