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생물정보학/Tools43

BED 파일을 ucsc genome browser에 추가하는 방법 시작하며 안녕하세요, 한주현입니다. 오늘은 bed 파일을 ucsc genome browser에 추가하는 방법에 대해 알아보겠습니다. 목차 bed 파일 준비하기 genome browser에 넣기 bed 파일 준비하기 다음 예시 링크에 들어가 bed 파일을 다운받습니다. https://github.com/KennethJHan/Genome-Analysis-Tutorial/blob/master/result/kit.pad.sort.merge.bed genome browser에 넣기 1) http://genome.ucsc.edu 에 접속하여 Genomes의 Human GRCh37/hg19 을 클릭한다. 2) 다음 화면의 아래에 add custom tracks 버튼을 클릭한다. 3) Choose File 버튼을 누른.. 2019. 10. 6.
VCF GT, DP, AD와 genotype 0/0 , 0/1 , 1/1의 의미 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 VCF 파일의 GT, DP, AD와 Genotype에서 0/0, 0/1, 1/1 의 의미에 대해 알아보겠습니다. 목차 VCF 파일의 관찰 GT, AD, DP의 의미 Genotype 에서의 0/0, 0/1, 1/1 의 의미 그럼 genotype 언제 쓰나요? VCF 파일의 관찰과 GT, AD, DP의 의미 VCF 파일을 보시면 1 2 3 4 #CHROM POS ID REF ALT [중간 삭제] FORMAT Sample1 Sample2 chr21 18269600 rs12345 T TGCG [중간 삭제] GT:AD:DP 0/1:44,37:81 0/0:0,90:90 chr21 18269704 . A C [중간 삭제] GT:AD:DP 0/1:720,910:1630 1/1:2,401.. 2019. 7. 15.
[github] github 파일 다운로드 방법 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 github에 있는 파일을 다운 받는 방법에 대해 알아보겠습니다. 들어가며 제가 출판한 "바이오파이썬으로 만나는 생물정보학" 도서 뿐만 아니라 요새 출판되는 여러 도서 및 소스코드 공유는 github로 많이 제공되고 있습니다. 간간히 저에게 자료를 어떻게 받는지 방법에 대해 문의하시는 분들이 계셔서 오늘은 github에서 자료를 받는 세 가지 방법에 대해 알아보겠습니다. 1. 그냥 사이트에 들어가서 하나씩 받기 다음 주소에 있는 파일인 blastSample.fasta 파일을 하나 받아보겠습니다. https://github.com/KennethJHan/Bioinformatics_Biopython/blob/master/Section1/Chap1/blastSample.fasta.. 2019. 5. 27.
[Tool] BLAST 리눅스 로컬 설치 및 실행방법 - BLAST LINUX local install and execute - BLAST 로컬 설치의 장단점 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 BLAST를 로컬에 설치하는 방법에 대해 알아보겠습니다. 목차 1. BLAST 로컬 설치의 장단점 2. BLAST 로컬 설치 및 실행 1. BLAST 로컬 설치의 장단점 BLAST는 NCBI에서 제공하는 툴로 서열을 넣어주면 데이터베이스와 비교하여 서열에 대해 종을 찾아주는 아주아주 유용한 툴입니다. 일반적으로 우리는 BLAST를 NCBI에서 제공하는 페이지, 즉 웹에서 접근해서 사용하는데요 이런 페이지입니다 ㅎㅎ.. 웹에서 하면 편하긴 한데.. 연구나 분석을 하다보면 GUI환경이 아닌 터미널 CLI 환경에서 진행해야 할 경우가 많습니다. 왜냐하면 웹에서 하나씩 서열을 붙여넣어서 할 수도 있지만, 10,000개나 되는 서열을 BLAST 해야 한다면 10,000번 동안 하고.. 2018. 12. 8.
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