반응형 Biopython11 [바이오파이썬] 4.3.1 SeqFeature 객체 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 Biopython에서 SeqFeature 객체에 대하여 알아보겠습니다. 바이오파이썬에서 새로 로고가 나왔더군요 ㅎㅎ 참 예쁘게 잘 만드신 것 같습니다 ㅎㅎㅎ 목표 이전 포스팅에서 FASTA, GenBank 파일로 부터 SeqRecord 객체를 만드는 방법에 대해 배워봤습니다. http://korbillgates.tistory.com/89 오늘은 SeqRecord 의 정보를 담고 있는 SeqFeature 객체에 대해 알아보려 합니다. 준비물 실습에 사용할 파일입니다 ㅎㅎ https://raw.githubusercontent.com/biopython/biopython/master/Tests/GenBank/NC_005816.gb 다운 받아 주세요 ㅎㅎ SeqFeature 객체 .. 2018. 5. 22. [바이오파이썬] 4.2 Sequence Record 객체 - FASTA, GenBank 파일로 부터 생성하기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 FASTA, GenBank 파일로 부터 SeqRecord 객체를 만드는 방법에 대해 알아보겠습니다. 바로 이전 포스팅에서 SeqRecord 객체에 대해서 알아보았는데요, http://korbillgates.tistory.com/86 SeqRecord 객체는 서열과 annotation 정보 등등을 포함한 객체입니다. 이전 시간에는 아래와 같이 직접 타이핑을 하여 SeqRecord 객체를 만들었는데요, 1 2 3 4 5 6 from Bio.Seq import Seq from Bio.SeqRecord import SeqRecord simple_seq = Seq("GATC") simple_seq_r = SeqRecord(simple_seq) print(simple_seq_r) c.. 2017. 10. 30. [바이오파이썬] 4.1. Sequence Record 객체 안녕하세요 한주현 입니다. 오늘은 Sequence Record 객체에 대해 알아보겠습니다. 이전 03. Sequence 객체 단원에서는 문자열 같은 Sequence 객체에 대해서 알아보았는데요, 오늘 말씀드릴 Sequence Record는 서열 뿐만 아니라 여러 정보를 가지고 있는 객체입니다. 4.1 SeqRecord 객체 .seq - Sequence 그 자체 입니다 [Seq 객체] .id - primary ID 로 sequence를 판별할 때 사용하며 대부분의 경우 accession number입니다. [문자열] .name - sequence의 이름으로 accession number와 같을 수도 있습니다. [문자열] .description - 사람이 읽을 수 있는 설명입니다 [문자열] .letter_a.. 2017. 10. 29. [바이오파이썬] 03. Sequence 객체 안녕하세요 한주현입니다. 이번 강좌에서는 바이오파이썬의 기본이 되는 Sequence 객체에 대해서 알아보고자 합니다. 이전 강좌 (02. 바이오파이썬으로 할 수 있는 일 들) 에서 잠깐 보여드렸듯이 Sequence 객체는 다음과 같이 만들 수 있습니다. >>> from Bio.Seq import Seq >>> my_seq = Seq("AGTACACTGGT") >>> my_seq Seq('AGTACACTGGT', Alphabet()) >>> my_seq.alphabet Alphabet() >>> print(my_seq) AGTACACTGGT >>> print(my_seq.lower()) agtacactggt >>> len(my_seq) 11 >>> 위의 예제에서 보는 것 처럼 Seq 을 통해 Sequenc.. 2017. 4. 9. 이전 1 2 3 다음 반응형
