반응형 pileup2 [뱀뱀이 프로그래밍 만화] Pileup Read - 생물정보학 안녕하세요 한주현 입니다 :) 오늘은 생물정보학 포맷 개념 중 하나인 pileup 에 대해서 그려보았습니다. Pileup pileup 은 기준이 되는 서열에 sequencer (샘플로 부터 염기서열을 읽는 기계) 에서 나온 Read(리드, sequencer 가 한 번 동안에 읽은 서열)를 잘~ 맞게 붙여서 만든 파일 (sam 또는 bam 파일)에서 쌓아 올라가는 방식으로 read를 표현한 포맷 입니다 ㅎㅎ... 어려운데 말 또한 기네요;; ㅜㅜ GATK 로 해당 파일을 생성해 낼 수 있습니다. 다음 링크를 참고해 주세요 ㅎㅎ 링크 : http://korbillgates.tistory.com/165 어려운 내용 쉽게 풀어보고자 열심히 그림을 그려보고 있습니다!! 꼭 도움이 되셨으면 좋겠네요 ㅎㅎ 생물정보학.. 2018. 6. 21. [GATK] pileup 파일 얻기 - bam 에서 쌓인 read base 얻기 - gatk pileup 분석 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 GATK의 툴 중 하나인 Pileup 에 대해 알아보겠습니다. Pileup 이란? pileup 은 말 그대로 쌓아 올린것을 의미합니다 ㅎㅎ Reference 서열에 맞춘 read 들을 쭉~ 쌓아 올린 것을 pileup 이라고 하지요 그림을 하나 그려봤습니다 ㅎㅎ.. 뱀뱀이 프로그래밍 만화도 많이 봐주세요 ㅎㅎ 링크 : http://korbillgates.tistory.com/category/뱀뱀이 프로그래밍 만화/단편작 참고로 아래는 쌓인 read 들을 보여주는 여러가지 소프트웨어 입니다 ㅎㅎ IGV (Integrative Genomics Viewer) - Broad Institute Samtools tview GATK Pileup - GATK3.x , GATK4 GATK.. 2018. 6. 21. 이전 1 다음 반응형
