반응형 분류 전체245 UCSC blat 사용법 - command line blat stand alone 사용법 안녕하세요 한주현 입니다 오늘은 UCSC BLAT과 사용법에 대해 알아보겠습니다. BLAT 이란? blat은 BLAST-like alignment tool로 UCSC에서 개발한 pairwise sequence alignment tool 입니다 DNA, RNA 또는 Protein sequence를 입력하고 실행을 하게 되면 입력하신 sequence의 위치와 reference sequence와의 match/mismatch를 알려줍니다. 놀라운 점은 사용법이 너무나도 간편하다는 점인데요,간단하게 웹에서 sequence query를 넣고 submit을 누르시면 바로 나오게 됩니다 ㅎㅎ만약 보고싶은 서열의 개수가 많은 경우 command line에서도 실행 가능하다는 점입니다 웹과 커맨드라인 두 가지 방법에 대해.. 2018. 2. 4. [vim] vimrc 설정 안녕하세요 한주현입니다 평소 서버에서 작업 할 때는 vim editor 를 많이 사용하는데요 오늘은 제가 사용하는 vi editor 설정을 말씀드려보겠습니다 ㅎㅎ 터미널에서 아래와 같이 vimrc 파일을 편집하겠습니다. 1$ vim ~/.vimrccs 따로 건드린 것이 없다면 빈 파일을 편집하는 창이 뜰 것 입니다. 1234567891011set nu set shiftwidth=4 set showmatch set smartcase set ruler set cursorline set hlsearch set tabstop=4 syntax on set background=dark colorscheme delek cs 설명을 드리자면.. 1234567891011set nu # 줄번호 보이기set shiftwid.. 2018. 1. 26. [GATK] GATK4 Launch 행사 - Broad Institute GATK4 Launch 안녕하세요 한주현입니다 EST 1월 9일 오후 2시에 GATK 4 Launch를 Facebook Live로 진행한다는 소식이 있습니다. Live는 2시간정도 진행되며 facebook 주소는 아래와 같습니다 https://www.facebook.com/broadinstitute 한국시간으로는 1월 10일 오전 4시부터 오전 6시 까지입니다 ㅎㅎ;; 어떠한 점들이 바뀌었는지 직접 라이브로 보려면 일찍 일어나야겠군요! 그럼 Launch 행사 보시고 찾아뵙겠습니다 ㅎㅎ 2018. 1. 8. [java] 자바 생물정보학 - fastq, fastq.gz 읽기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 java로 fastq.gz 을 읽는 방법에 대해 알아보겠습니다. JAVA로 fastq.gz 읽기 JAVA로 fastq.gz 읽기 아래는 fastq.gz 파일을 읽는 소스코드입니다. 그냥 읽기만 하면 재미가 없으니 ㅎㅎ.. 조건을 몇 개 설정해봅시다. - 조건 1) fastq.gz 은 paired 되어있다. 2) 각 read의 naming은 sample_1.fastq.gz, sample_2.fastq.gz 으로 한다. 3) 각 read 별 fastq에서 평균 read length를 계산한다. 여러분들도 한 번 코드작성을 해보시기를 추천드립니다 ㅎㅎ; 여러모로 배울점들이 생기게 됩니다 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 .. 2018. 1. 3. 이전 1 ··· 30 31 32 33 34 35 36 ··· 62 다음 반응형
