반응형 분류 전체245 [바이오파이썬] 4.3.1 SeqFeature 객체 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 Biopython에서 SeqFeature 객체에 대하여 알아보겠습니다. 바이오파이썬에서 새로 로고가 나왔더군요 ㅎㅎ 참 예쁘게 잘 만드신 것 같습니다 ㅎㅎㅎ 목표 이전 포스팅에서 FASTA, GenBank 파일로 부터 SeqRecord 객체를 만드는 방법에 대해 배워봤습니다. http://korbillgates.tistory.com/89 오늘은 SeqRecord 의 정보를 담고 있는 SeqFeature 객체에 대해 알아보려 합니다. 준비물 실습에 사용할 파일입니다 ㅎㅎ https://raw.githubusercontent.com/biopython/biopython/master/Tests/GenBank/NC_005816.gb 다운 받아 주세요 ㅎㅎ SeqFeature 객체 .. 2018. 5. 22. [GATK] DepthOfCoverage 란? Depth of coverage의 soft clip 처리. Depth of coverage 분석 방법 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 GATK의 툴 중 하나인 DepthOfCoverage 에 대해 알아보고, Soft Clip을 처리하는 방식과 DepthOfCoverage 의 command line에 대해 알아보겠습니다. Depth Of Coverage 란? DepthOfCoverage 는 GATK 의 Tool 중의 하나로, 말 그대로 Coverage의 Depth를 계산해줍니다. 아래 그림은 Reference genome에 mapping 된 read들을 표현한 그림입니다. 100bp 가 되는 12개의 read들이 reference sequence에 맞게 mapping 된것인데요, 왼쪽의 covered region의 길이가 350bp라고 해봅시다. mapping된 read는 총 1,200bp 이며, 계산식에.. 2018. 5. 16. [Coursera] JAVA course certificate - JAVA 코스 수료증 인증서 - 코세라 강의 후기 안녕하세요 한주현입니다. 요새 제가 관심있게 보고 있는 것을 남겨보고자 합니다 ㅎㅎ 저는 주로 Python과 JavaScript 등의 언어로 개발을 하고 있었습니다 그런데 2017년 11월 경 부터 안드로이드 개발과 JAVA에 꽂혀서 약 5개월 동안 JAVA를 열심히 학습하고 있었습니다 독학을 먼저 진행했었는데요 그때 보았던 교재로는 1. JAVA의 정석 - 남궁성 저 2. 난 정말 JAVA를 공부한 적이 없다구요 - 윤성우 저 두 교재 모두 처음 학습을 진행하는 분들께 좋은 교재인것 같습니다 두 교재를 학습하고 나서 JAVA의 탄탄한(?) 객체지향의 매력에 빠져 더 학습해보고 싶다는 생각이 들어 coursera의 문들 두드려 보았습니다 ㅎㅎ; https://www.coursera.org coursera.. 2018. 4. 22. [GATK] VCF index 파일 생성 3가지 방법, VCF 인덱스 만들기 - GATK3, GATK4, bgzip, tabix 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 VCF 파일에서 index를 만드는 방법에 대해서 알아보겠습니다. VCF파일은 Variant Calling Format 파일의 약자로 파일에 대한 소개는 아래 링크를 참고해주세요 ㅎㅎ http://korbillgates.tistory.com/136 - VCF 파일 소개 파일 indexing 이란? 파일의 indexing 은 random access를 용이하게 하기 위해 key 값을 만드는 과정입니다. indexing 은 우리말로 색인 이라고도 말합니다. 쉽게 말해 종이 사전을 예시로 들어봅시다 ㅎㅎ.. 우리가 Sea 를 찾는 다고 하면, 종이 사전 옆구리의 알파벳 S쪽을 열어보겠죠? 만약 사전 옆구리의 알파벳이 없다면 찾기가 조금 더 힘들고 시간이 오래 걸릴 것 입니다 ㅎ.. 2018. 4. 10. 이전 1 ··· 27 28 29 30 31 32 33 ··· 62 다음 반응형
