BED 파일을 ucsc genome browser에 추가하는 방법

 

 

 

시작하며

안녕하세요, 한주현입니다.

 

오늘은 bed 파일을 ucsc genome browser에 추가하는 방법에 대해 알아보겠습니다.

 

목차

bed 파일 준비하기 genome browser에 넣기

 

bed 파일 준비하기

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다음 예시 링크에 들어가 bed 파일을 다운받습니다.

https://github.com/KennethJHan/Genome-Analysis-Tutorial/blob/master/result/kit.pad.sort.merge.bed

 

 

 

 

 

 

genome browser에 넣기

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1) http://genome.ucsc.edu 에 접속하여 Genomes의 Human GRCh37/hg19 을 클릭한다.

 

2) 다음 화면의 아래에 add custom tracks 버튼을 클릭한다.

 

3) Choose File 버튼을 누른다. 창이 뜨면 bed 파일을 넣어주고 업로드를 기다린다.

 

4) 빨간 화살표가 가리키는 부분에 파일 이름이 나오면 파일이 제대로 업로드 된 것이다.

그 다음 Submit 버튼을 누른다.

 

5) Track의 이름을 바꿀 수 있는데 User Track 링크를 누르면 된다.

바꾸고 싶지 않다면 오른쪽의 go 버튼을 눌러도 된다. 

 

6) 다음 그림의 빨간 네모 친 부분을 바꾸고 Submit 버튼을 누르면 된다.

 

7) 바뀐 모습

 

8) go 버튼을 눌러 genome browser로 이동한다.

 

9) custom track이 genome browser에 추가되었다. 다음 그림은 chr15:48426484 를 검색한 것이다.

 

10) 100x 를 두 번 눌러 zoom out 하여 bed가 genome 의 어느 부분에 구간을 잡고 있는지 확인할 수 있다.

 

오늘은 genome browser에 bed 파일을 추가하는 방법에 대해 알아보았습니다.

 

여러분들께 도움이 되셨음 좋겠습니다.

 

그럼 다음 포스트에서 만나요~