반응형 SAM3 [minimap2] minimap2 설치 및 수행 방법 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 Heng Li 의 새로운 mapping tool 인 minimap2 의 설치 및 수행 방법에 대해 작성해 보겠습니다. 목차 1. minimap2 다운로드2. minimap2 설치3. minimap2 수행 1. minimap2 다운로드 1) 사이트에 접속합니다https://github.com/lh3/minimap2 2) 자료 다운로드 저는 git clone 으로 자료를 다운받았습니다. 사이트에서 빨간색으로 네모 친 부분을 눌러 git 주소를 복사 합니다. 터미널에서 git clone 명령어로 다운 받습니다. 1$ git clone https://github.com/lh3/minimap2.git 2. minimap2 설치 1) 다운 받은 minimap2 디렉터리에 들어갑니다... 2018. 11. 18. [GATK] pileup 파일 얻기 - bam 에서 쌓인 read base 얻기 - gatk pileup 분석 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 GATK의 툴 중 하나인 Pileup 에 대해 알아보겠습니다. Pileup 이란? pileup 은 말 그대로 쌓아 올린것을 의미합니다 ㅎㅎ Reference 서열에 맞춘 read 들을 쭉~ 쌓아 올린 것을 pileup 이라고 하지요 그림을 하나 그려봤습니다 ㅎㅎ.. 뱀뱀이 프로그래밍 만화도 많이 봐주세요 ㅎㅎ 링크 : http://korbillgates.tistory.com/category/뱀뱀이 프로그래밍 만화/단편작 참고로 아래는 쌓인 read 들을 보여주는 여러가지 소프트웨어 입니다 ㅎㅎ IGV (Integrative Genomics Viewer) - Broad Institute Samtools tview GATK Pileup - GATK3.x , GATK4 GATK.. 2018. 6. 21. [samtools] sam, bam 파일간 변환 방법, sam to bam , bam to sam 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 samtools로 sam, bam 파일간 변환 방법 에 대하여 알아보겠습니다. samtools samtools 로 SAM, BAM 간 파일 변환 - 준비물 준비물 1) samtools samtools 설치가 되어 있지 않다면 다음 링크들을 참고해 주세요 - samtools 공식 다운로드 페이지 http://www.htslib.org/download/ - samtools 설치 방법 http://korbillgates.tistory.com/57 2) 실습 bam 파일 http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeUwRepliSeq/wgEncodeUwRepliSeqBg02esG1bAlnRep1.bam Siz.. 2017. 12. 12. 이전 1 다음 반응형
