반응형 Random2 [LINUX] FASTQ에서 random read 골라내기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 FASTQ에서 random하고 read1, read2 pair에 맞춰서 read를 골라내는 방법 에 대하여 알아보겠습니다. LINUX command 사용 FASTQ에서 random read 골라내기 - 준비물 준비물1) LINUX (Ubuntu, CentOS 등)linux 명령어를 사용하여 진행합니다. 2) 실습 FASTQ 파일https://raw.githubusercontent.com/KennethJHan/blogdata/master/read_1.fastqhttps://raw.githubusercontent.com/KennethJHan/blogdata/master/read_2.fastqSize: 2.5KB, 2.5KB 실습파일은 제가 그냥 10개의 read pair로 만.. 2017. 12. 7. [리눅스] 텍스트 파일에서 random으로 n개 라인 뽑기 안녕하세요 한주현 입니다. 오늘은 텍스트 파일에서 무작위로 n개의 라인을 뽑는 방법에 대해 포스팅 해 보겠습니다. 먼저 샘플 파일입니다 샘플파일 $ cat num.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 방법1 - sort sort -R 을 하여 head로 원하는 만큼 자릅니다. $ sort -R num.txt 3 2 5 9 10 4 6 1 7 8 $ sort -R num.txt | head -3 2 7 5 방법2 - shuf shuf 명령어를 사용합니다. $ shuf -n 3 num.txt 8 1 3 파일 사이즈가 크고 라인 개수가 많은 경우 sort -R 보다는 방법2인 shuf를 사용하는 것이 훨씬 빠릅니다. 그럼 다음 시간에 만나요~~~ 2017. 10. 30. 이전 1 다음 반응형
