반응형 FASTA7 [C#] 파일 쓰고 읽기 - 파일 입출력 - FASTQ GC content ratio 계산기 - 생물정보학 안녕하세요 한주현 입니다 여러분들 잘 지내시나요? 저는 요새 생각하는 기능들이 들어있고, 생각하는 대로 척척 잘 만들어 주는 C#의 매력에 빠져있습니다 ㅎㅎ 오늘은 C# 의 파일 쓰고 읽기에 대해 알아보겠습니다. 준비물 Visual Studio EGFR 유전자 서열https://raw.githubusercontent.com/KennethJHan/SampleData/master/EGFR_NC_000007.14_GRCh38.fasta 1. 개요 파일을 쓰고 읽는 것은 어느 프로그래밍 언어에서나 기본적인 내용인데요 C# 에서 어떻게 파일을 다루는지 오늘 정리해보겠습니다!! 먼저 한 번에 쓰고 읽는 방법에 대해서 알아보고, 그 다음 대용량의 파일을 다룰 수 있도록 한 줄씩 쓰고 읽는 방법에 대해서도 알아보겠습니.. 2018. 6. 10. [samtools] BAM 파일을 FASTA, FASTQ 파일 형식으로 변환하기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 samtools로 BAM파일의 정보를 가지고 FASTA, FASTQ 파일 형식으로 바꾸는 방법 에 대하여 알아보겠습니다. samtools samtools 로 BAM 파일에서 FASTA, FASTQ 파일형식으로 변환 - 준비물 준비물1) samtoolssamtools 설치가 되어 있지 않다면 다음 링크들을 참고해 주세요 - samtools 공식 다운로드 페이지http://www.htslib.org/download/ - samtools 설치 방법http://korbillgates.tistory.com/57 2) 실습 bam 파일http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeUwRepliSeq/wgEncode.. 2017. 11. 22. [바이오파이썬] 4.2 Sequence Record 객체 - FASTA, GenBank 파일로 부터 생성하기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 FASTA, GenBank 파일로 부터 SeqRecord 객체를 만드는 방법에 대해 알아보겠습니다. 바로 이전 포스팅에서 SeqRecord 객체에 대해서 알아보았는데요, http://korbillgates.tistory.com/86 SeqRecord 객체는 서열과 annotation 정보 등등을 포함한 객체입니다. 이전 시간에는 아래와 같이 직접 타이핑을 하여 SeqRecord 객체를 만들었는데요, 1 2 3 4 5 6 from Bio.Seq import Seq from Bio.SeqRecord import SeqRecord simple_seq = Seq("GATC") simple_seq_r = SeqRecord(simple_seq) print(simple_seq_r) c.. 2017. 10. 30. 이전 1 2 다음 반응형
