반응형 생물정보2 [FastqGizmo] Fastq 파일의 스탯 stat 및 N Base read count, Fastq Report 리포트 ` 안녕하세요 한주현 입니다! 오늘은 제가 만든 툴인 FastqGizmo를 소개합니다... ㅎㅎ FastqGizmo는 Fastq 파일에서 염기에 대한 스탯 (개수, 퀄리티) 및 N Base의 개수별로 리드의 개수를 세는 프로그램입니다. FastqGizmo 주요 기능 소개 1. Fastq 파일의 염기 개수 및 퀄리티 스탯2. Fastq의 리드당 N Base 개수를 세어 N Base의 개수별로 리드를 표시3. 위의 두 결과를 HTML 파일로 리포트 FastqGizmo 사용 방법 FASTQGIZMO 는 기본적으로 터미널 환경에서 돌아갑니다.Java 1.8 에서 돌아갑니다. 1$ java -jar FastqGizmo.jar FastqGizmo 리포트 FastqGizmo.jar 의 StatReport 를 실행하면.. 2018. 11. 10. [fastqe] fastqe , fastq 파일의 quality를 이모티콘으로! , fastq 파일이란? 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 fastqe 라고 재미난 라이브러리를 하나 소개해 보겠습니다. ㅎㅎ fastqe 개발자님 페이지 https://fastqe.com/https://github.com/lonsbio/fastqe fastq에 emoji (에모지, 이모티콘) 정보를 더한 fastqe에 대해 적어보겠습니다 fastq의 quality를 아래와 같이 emoticon 으로 나타낸 것 이지요. fastqe를 알아보기 전에 간단하게 fastq가 어떤 포맷의 파일인지 알아볼까요? fastq? fastq는 시퀀서에서 읽은 염기서열의 정보를 4줄에 걸친 텍스트 정보로 나타낸 것 입니다. fastq 각 줄의 정보 첫 번째 줄: @ 로 시작하여 sequence identifier를 나타냅니다.두 번째 줄: raw .. 2018. 7. 29. 이전 1 다음 반응형
