[GATK] DepthOfCoverage 란? Depth of coverage의 soft clip 처리. Depth of coverage 분석 방법

 

 

 

안녕하세요 한주현입니다.

 

오늘은 GATK의 툴 중 하나인 DepthOfCoverage 에 대해 알아보고,

Soft Clip을 처리하는 방식과 DepthOfCoverage 의 command line에 대해 알아보겠습니다.

Depth Of Coverage 란?

DepthOfCoverage 는 GATK 의 Tool 중의 하나로, 말 그대로 Coverage의 Depth를 계산해줍니다.

아래 그림은 Reference genome에 mapping 된 read들을 표현한 그림입니다.

100bp 가 되는 12개의 read들이 reference sequence에 맞게 mapping 된것인데요,

왼쪽의 covered region의 길이가 350bp라고 해봅시다.

mapping된 read는 총 1,200bp 이며,

계산식에 따라 평균 coverage는 약 3.4x 정도 됩니다 ㅎㅎ..

즉, chrN:12345-12695 의 350bp 구간에 약 3.4번 정도 cover 되었음을 의미합니다

GATK Depth Of Coverage

GATK 에서 Soft clip은 read의 depth 로 셀까요???

궁금하면 해보면 됩니다 ㅋㅋ..

그래서 저는 아래와 같은 세 개의 read를 포함한 bam을 만들어서

GATK DepthOfCoverage 분석을 해보았습니다.

Read

101M

GTTAATGACAACTTCAAATGTTCTATGAGAAACACGCACAGTTCTCCTCAGAGAAGGGCATTTGGGCTGCTGCATTACCTACTGGCGTTAGTTCCAGATCT

88M13S

GTTAATGACCACTTCAAATGATCTATGAGAAACACGCACAGCTCTCCTCAGAAAACAGAATTACGGCTGCTGCATTCCCTACTGGCGTCAGTTACAGCTCC

101M

GTTAATGACAACTTCAAATGTTCTATGAGAAACACGCACAGTTCTCCTCAGAGAAGGGCATTTGGGCTGCTGCATTACCTACTGGCGTTAGTTCCAGATCT

result.sample_interval_summary

Target                                 total_coverage       average_coverage

chr1:1718600-1718900      290                         0.96

만약 soft clip을 세었다면 total_coverage가 303 이 나왔겠지만, 

13base의 soft clip 이 있기에 제외한 290bp 의 total_coverage가 나왔습니다 ㅎㅎ..

GATK DepthOfCoverage 분석 방법

그냥 끝내기는 아쉬우니.. ㅋㅋ

GATK DepthOfCoverage 분석 방법에 대해 알아보겠습니다.

#!/bin/bash
 
if [ $# -ne 1 ];then
  echo "#usage: sh $0 <bam>"
  exit
fi
 
inbam=$1
 
gatk=GATK.jar
ref=ucsc.hg19.fasta
 
${java} -jar ${gatk} \
    -T DepthOfCoverage \
    -R ${ref} \
    -o result \
    -I ${inbam} \
    -L interval.list
 
 
## interval.list 는 파일 내부에
# chr1:12345-12350 
# chr2:67890-67900
#
# 처럼 써주심 됩니다
 
 

이렇게 실행해주심 됩니다 ㅎㅎㅎ

오늘은 Depth of coverage 의 개념과 GATK Depth Of Coverage 의 soft clip 처리,

Depth of coverage 분석 방법에 대해 알아보았습니다

여러분께 도움이 되셨으면 좋겠네요 :)

그럼 다음에 또 만나요~~

- 참고 URL

# GATK DepthOfCoverage Document

https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/3.8-0/org_broadinstitute_gatk_tools_walkers_coverage_DepthOfCoverage.php