반응형 duplicate read1 [Samtools] BAM 파일에서 Duplicated Read 찾기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 bam 파일로 부터 duplicate read만 가져오는 방법에 대해 알아보겠습니다 필요한 툴, 파일 samtools실습할 bam 파일 samtools 설치는 다음 링크를 참고해주세요.설치 방법은 버전이 달라도 대개 비슷비슷합니다 ㅎㅎ; http://korbillgates.tistory.com/57 NGS 분석에서는 기술특성상 필연적으로 PCR duplicate(또는 optical duplicate) 가 생길 수 밖에 없습니다.이 부분에 대해서는 다음 포스팅에서 만나도록 하겠습니다 ㅎㅎㅎ duplicate의 존재는 samtools로 stat을 확인해보면 나오는데요,각자 가지고 계신 bam파일을 가지고 아래와 같은 command를 실행해봅시다. Command $ samtoo.. 2017. 10. 30. 이전 1 다음 반응형