반응형 InDel1 [VCF] 02. VCF 파일에서 SNP, InDel Count 하기 안녕하세요 한주현입니다 생물정보학 코딩 연습과 파일 형식을 익히기 위한 포스팅 두 번째 시간입니다 오늘은 VCF를 활용한 생물정보학 문제를 포스팅하겠습니다 문항) VCF파일에서 SNP, InDel count하기VCF (Variant Calling Format) 파일은 텍스트 형식의 파일로 meta-information lines, Header, data lines 로 구성되어있습니다 VCF의 Data Line에서 4번째 컬럼과 5번째 컬럼인 REF와 ALT를 보겠습니다. REF는 Reference base(s)로 hg19, hg38 과 같이 기준이 되는 서열에서 각 해당 position에서의 서열을 의미합니다.ALT는 Alternate base(s)로 sequencer 에서 읽어낸 base가 REF 와 .. 2017. 4. 4. 이전 1 다음 반응형