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아마존 AWS S3란? AWS S3 Glacier 에서 파일 꺼내는 방법 시작하며 안녕하세요, 한주현입니다. 오늘은 아마존 AWS S3 Glacier에서 파일 꺼내는 방법에 대해 알아보겠습니다. 목차 아마존 AWS S3 란? aws cli 설치하기 S3에서 파일 다운 받기 S3에서 파일 복원(restore)하기 S3에서 파일 복원 과정 확인하기 아마존 AWS S3 란? 아마존 AWS S3는 아마존에서 제공하는 Simple Storage Service 로 99.99999999999%의 안정성을 가진 저장공간입니다. 저는 주로 업무에서 S3 서비스를 유전체 데이터의 저장공간, 서버리스 웹 서비스 저장공간 등의 용도로 사용하고 있습니다. S3의 장점이라 함은 싼 가격에 있는데요, 가격을 알아보겠습니다. 종류 GB당 요금 1TB 로 계산 시 S3 $0.025/GB $25/TB S3 .. 2019. 9. 29.
[맥] 파일 사이즈를 특정 크기 이상으로 찾고 정렬하는 방법 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 맥북의 파일을 특정 파일 크기 이상 가진 파일을 찾는 방법에 대해 알아보겠습니다. 파일의 특정 크기 이상 파일들 찾기 1) 새로운 파인더를 하나 켭니다. 가장 최근 액세스한 파일들이 나오네요. 구질구질 많습니다 ㅎㅎ; 2) command + shift + H 키를 눌러서 홈으로 이동합니다. 3) Kind를 File Size로 바꾸고 Any를 is greater than 으로 바꾸고 원하시는 파일 사이즈를 입력합니다. 저는 2GB 이상인 파일들을 정렬해보려고 합니다. 이렇게 입력해 주면 바로 짠! 하고 큰 파일들이 나옵니다 ㅎㅎ 생물정보학 파일들과 안드로이드 가상머신 파일이 나오네요 ^^;; 쟤네들 때문에 용량이 없네요 ㅜㅜ 아이고.. 오늘은 맥에서 파일 크기대로 써보았습니.. 2018. 12. 8.
[생물정보학] FASTA gzip 파일 읽기 - 염색체 별로 염기 숫자 세기 - UCSC FASTA 다운로드 - 자바 JAVA , 파이썬 Python, 파일 읽기 속도 비교 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 자바, 파이썬으로 FASTA gzip 파일을 읽어 염기서열을 세는 프로그래밍을 해보겠습니다. 목차 1. UCSC FASTA 파일 다운로드 2. 염색체 별로 읽기3. Python 스크립트 구현4. JAVA 코드 구현5. 결과6. 파일 읽기 속도 비교 - JAVA, Python 1. UCSC FASTA 파일 다운로드 - chromosome 별 다음 경로에 들어가서 chromosome 별로 fa.gz 파일을 받습니다. hg38 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/ hg19http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/ 사이트에 접속하시면 다음과 같은 .. 2018. 11. 14.
[C#] 파일 쓰고 읽기 - 파일 입출력 - FASTQ GC content ratio 계산기 - 생물정보학 안녕하세요 한주현 입니다 여러분들 잘 지내시나요? 저는 요새 생각하는 기능들이 들어있고, 생각하는 대로 척척 잘 만들어 주는 C#의 매력에 빠져있습니다 ㅎㅎ 오늘은 C# 의 파일 쓰고 읽기에 대해 알아보겠습니다. 준비물 Visual Studio EGFR 유전자 서열https://raw.githubusercontent.com/KennethJHan/SampleData/master/EGFR_NC_000007.14_GRCh38.fasta 1. 개요 파일을 쓰고 읽는 것은 어느 프로그래밍 언어에서나 기본적인 내용인데요 C# 에서 어떻게 파일을 다루는지 오늘 정리해보겠습니다!! 먼저 한 번에 쓰고 읽는 방법에 대해서 알아보고, 그 다음 대용량의 파일을 다룰 수 있도록 한 줄씩 쓰고 읽는 방법에 대해서도 알아보겠습니.. 2018. 6. 10.
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