반응형 읽기2 [생물정보학] FASTA gzip 파일 읽기 - 염색체 별로 염기 숫자 세기 - UCSC FASTA 다운로드 - 자바 JAVA , 파이썬 Python, 파일 읽기 속도 비교 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 자바, 파이썬으로 FASTA gzip 파일을 읽어 염기서열을 세는 프로그래밍을 해보겠습니다. 목차 1. UCSC FASTA 파일 다운로드 2. 염색체 별로 읽기3. Python 스크립트 구현4. JAVA 코드 구현5. 결과6. 파일 읽기 속도 비교 - JAVA, Python 1. UCSC FASTA 파일 다운로드 - chromosome 별 다음 경로에 들어가서 chromosome 별로 fa.gz 파일을 받습니다. hg38 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/ hg19http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/ 사이트에 접속하시면 다음과 같은 .. 2018. 11. 14. [C#] 파일 쓰고 읽기 - 파일 입출력 - FASTQ GC content ratio 계산기 - 생물정보학 안녕하세요 한주현 입니다 여러분들 잘 지내시나요? 저는 요새 생각하는 기능들이 들어있고, 생각하는 대로 척척 잘 만들어 주는 C#의 매력에 빠져있습니다 ㅎㅎ 오늘은 C# 의 파일 쓰고 읽기에 대해 알아보겠습니다. 준비물 Visual Studio EGFR 유전자 서열https://raw.githubusercontent.com/KennethJHan/SampleData/master/EGFR_NC_000007.14_GRCh38.fasta 1. 개요 파일을 쓰고 읽는 것은 어느 프로그래밍 언어에서나 기본적인 내용인데요 C# 에서 어떻게 파일을 다루는지 오늘 정리해보겠습니다!! 먼저 한 번에 쓰고 읽는 방법에 대해서 알아보고, 그 다음 대용량의 파일을 다룰 수 있도록 한 줄씩 쓰고 읽는 방법에 대해서도 알아보겠습니.. 2018. 6. 10. 이전 1 다음 반응형
