반응형 indexing3 [GATK] VCF index 파일 생성 3가지 방법, VCF 인덱스 만들기 - GATK3, GATK4, bgzip, tabix 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 VCF 파일에서 index를 만드는 방법에 대해서 알아보겠습니다. VCF파일은 Variant Calling Format 파일의 약자로 파일에 대한 소개는 아래 링크를 참고해주세요 ㅎㅎ http://korbillgates.tistory.com/136 - VCF 파일 소개 파일 indexing 이란? 파일의 indexing 은 random access를 용이하게 하기 위해 key 값을 만드는 과정입니다. indexing 은 우리말로 색인 이라고도 말합니다. 쉽게 말해 종이 사전을 예시로 들어봅시다 ㅎㅎ.. 우리가 Sea 를 찾는 다고 하면, 종이 사전 옆구리의 알파벳 S쪽을 열어보겠죠? 만약 사전 옆구리의 알파벳이 없다면 찾기가 조금 더 힘들고 시간이 오래 걸릴 것 입니다 ㅎ.. 2018. 4. 10. bcftools 설치하기 안녕하세요 한주현입니다 오늘은 bcftools 설치에 대하여 알아보겠습니다 참조 URL http://www.htslib.org/doc/bcftools.html http://www.htslib.org/download/ 다음 URL에 들어가시거나 http://www.htslib.org/download/ 또는 제가 아래에 준비한 링크를 직접 받으셔도 됩니다 다운로드 링크 https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.3.1/bcftools-1.3.1.tar.bz2 이제 본격적으로 설치해보죠.. 1) 압축해제$ tar xf bcftools-1.3.1.tar.bz2 2) 설치$ make$ make prefix=경로지정 install 설치과정 cd htslib.. 2017. 3. 14. VCF 파일의 indexing 하기 안녕하세요 한주현입니다 오늘은 VCF 파일의 indexing 방법에 대하여 알아보고자 합니다 VCF파일에 대한 간단한 설명은 아래 링크를 참조해 주세요 https://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.2.pdf # Command Line $ bgzip -c sample.vcf > sample.vcf.gz $ tabix -p vcf sample.vcf.gz # Resultsample.vcf.gz.tbi bgzip 또는 tabix 의 설치에 관한 링크는 다음을 참조하시면 됩니다 bgzip 설치 tabix 설치 그럼 다음에 봐요~ 2017. 3. 14. 이전 1 다음 반응형
