반응형 bedtools2 [bedtools 사용방법] bedtools를 이용하여 vcf 의 특정 범위 꺼내기 안녕하세요 한주현 입니다 오늘은 bedtools를 이용하여 vcf에서 필요한 영역을 꺼내는 작업을 해보겠습니다. 물론 스크립트를 작성하여 작업하는 방법도 있겠습니다만, 빌게이츠가 좋아하는 명언 중 하나인, Do not reinvent the wheel.(바퀴를 다시 발명하지 말라.) 라는 말 처럼 이번 시간에는 있는 tool을 사용해보도록 하겠습니다 bedtools 설치에 대해서는 다음 링크를 참조해 주세요 [bedtools] bedtools 설치 방법 - How to install bedtools http://korbillgates.tistory.com/66 여담으로 도전정신이 있으신 분들께서는 아래의 예시를 프로그래밍하여 해결해보시기를 바랍니다 :) VCF 의 특정 범위 꺼내는 방법 먼저 이번 실습에.. 2017. 4. 4. [bedtools] bedtools 설치 방법 - How to install bedtools 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 bedtools 설치방법에 대해서 말씀드리겠습니다. bedtools는 UNIX(LINUX)나 OSX machine 에서 사용가능합니다. source code 설치 방법$ wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.25.0/bedtools-2.25.0.tar.gz $ tar -zxvf bedtools-2.25.0.tar.gz $ cd bedtools2 $ make 기본적으로는 /usr/local/bin 에 설치가 됩니다. 소스코드 설치가 어려우신 분 들은 아래를 참고하시면 됩니다. Centos$ yum install BEDTools Ubuntu$ apt-get install bedtools 참고 URLhttp.. 2017. 4. 4. 이전 1 다음 반응형
