반응형 SnpEff3 [생물정보학] VCF에서 snpEff html report의 정보 내용 가져오기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 VCF 파일에서 snpEff html report의 정보들을 가져오는 방법에 대해 알아보겠습니다. 목차 0. 시작하며1. VCF 파일 파싱 0. 시작하며 블로그를 방문해주신 선생님께서 vcf파일을 snpEff 에 넣어 나오는 html report 의 스탯 뽑는 방법에 대해 문의해주셨습니다. VCF 파일을 파싱하면 되겠군요. 파이썬으로 진행해보겠습니다. 다음 예시에서는 Variants rate details 와 Number variants by type 을 뽑아보겠습니다. 코딩 한 번 해보죠.. ㅋㅋ 1. VCF 파일 파싱 다음과 같이 코드를 만들어봤습니다. VcfParser 의 메서드 부분의 역할을 보시면서 필요한 부분 가져가심 될 것 같습니다. 실행하면 다음과 같이 나옵.. 2018. 11. 16. [SnpEff] SnpEff 사용방법2 VCF annotation, SnpEff ANN field, Sequence Ontology term 설명 안녕하세요 한주현 입니다. 오늘은 SnpEff 로 VCF annotation하는 간단한 명령어와 annotation된 VCF의 컬럼에서 ANN field 중 annotation, Annotation_Impact 컬럼에 대해 알아보겠습니다. SnpEff 설치 방법에 대해 찾으신다면 다음 링크를 참고해주세요http://korbillgates.tistory.com/61 SnpEff 사용방법1 - 다운로드 및 설치, vcf annotation 위의 링크에서도 알아봤듯이 VCF annotation 하는 명령어를 간단히 리뷰해보도록 하겠습니다. SnpEff로 VCF annotation 하는 방법 java -jar snpEff.jar hg19 in.vcf > out.vcf java 1.7이상 에서 작동하며 라인이 많.. 2017. 10. 31. SnpEff 사용방법1 - 다운로드 및 설치, vcf annotation 안녕하세요 한주현 입니다 오늘은 snpEff 를 간략히 소개해 드리고,다운로드 및 설치, vcf annotation 까지 진행해보고자 합니다 목차 1. SnpEff 소개 1.1 시스템 사양 1.2 라이센스 2. SnpEff 다운로드3. SnpEff 설치4. SnpEff 를 사용한 vcf annotation 4.1 데이터베이스 받기 4.2 커맨드라인5. 마치며 1. SnpEff 소개 SnpEff 는 annotation tool로 variant를 annotation 하고 아미노산 change 와 같은 genetic effect를 예측하여 정보를 붙여주는 tool 입니다.사용방법도 간단하여 SnpEff에 VCF를 인자로 넣어주면, SnpEff 에서 계산하여 annotation을 진행해줍니다.SnpEff 에서 .. 2017. 3. 31. 이전 1 다음 반응형
